第一，師資隊伍上，多數民辦中國小要遠遠落後於公辦中國小
1、在民辦中國小，教師不屬於國家事業編制內人員，無法享受相等的工資待遇、社會保障、職稱評定等，造成很多學校無法招聘到好的教師，如果要招聘好教師則需要投入更高的成本，這對多數民辦中國小來説，壓力巨大。這也就造成了民辦中國小相對較難留住好老師，造成了教師流動的可能性比較大。
2、民辦中國小教育在國內起步較晚，多數民辦中國小教師年齡較低，缺乏充足的教學經驗，在教學質量、教學內容上都要低於傳統公辦中國小的教師，並且公辦中國小已經形成了老中青少比較有年代更替層次的教師系統，各方面比較完善，這是民辦中國小教師隊伍中無法相媲美的。
第二，普遍遇到招生難，招到優質生源更難的問題。
1、很多地區會考後，進行劃定分數段，按照區域進行招生，按照重點學校、普通學校再到民辦學校的順序進行依次招生，這樣剩下的學生數量較少，並且生源質量較差，在與公辦學校競爭中根本缺乏競爭力，在以後的升學考試中根本不可同日而語。
2、來自於公辦學校規模擴大的壓力，從上面的十年發展數據來看，公辦學校的學生數量和發展速度均優於民辦學校，尤其是地方一些超級中學的成立，對這些民辦中國小的發展形成了很大的挑戰。
第三，國家政策支持上，力度不夠，明顯弱於公辦中國小
1、對教師的政策支持上力度遠遠不及公辦中國小，很多學校老師在民辦國小中獲得經驗或者被公辦國小挖牆腳、或者主動離開私立中國小、或者被一些民辦培訓機構吸納去，對民辦中國小來説非常不利
2、在財政支持上更是遠不及公辦中國小，公辦中國小會有大量的政府支持，包括建學校、購設備等，各項支出都來自於財政撥款，而民辦中國小几乎享受不到政府支持
3、不僅得不到財政支持，在税收政策上更是讓民辦中國小吃虧，2004年財政部、國家税務總局發佈了《關於教育税收政策的通知》第1條第10項規定：“對學校經批准收取並納入財政預算管理的或財政預算外資金專户管理的收費不徵收企業所得税；對學校取得的財政撥款，從主管部門和上級單位取得的用於事業發展的專項補助收入，不徵收所得税。”一些民辦中國小便不得不納企業所得税，增加了他們的負擔，在資金投入上更顯吃力。
第四，學校自身發展中，存在諸多問題，甚至有違法違規行為。
1、民辦中國小的管理人員相對傳統公辦中國小來説，普遍存在理論水平差，教育觀念跟不上的現象，他們或許懂得經營，但是論及教育很可能就不及公辦學校的校長、老師，這就導致民辦中國小在發展中受到各種侷限。
2、為了生存需要，搶奪被公辦學校擠壓的稀缺的生存空間，很多民辦學校開始不擇手段的進行招生競爭，虛假宣傳、誇大宣傳、專人老師去招聘、找招生代理公司或個人等各種現象和手段開始暴露和使用，很顯然已經逐漸將其市場化運作。
3、由於許多民辦中國小的師資隊伍落後，在教學內容、教學質量、教學模式上很難跟重點公辦中國小比較，也就無法保證中國小生能夠享受到更好的教育。
4、民辦中國小存在地區差異顯著，這也是國內所有層次學校存在的問題，沿海地區和大城市的民辦學校辦學條件較好，而農村和偏遠地區的民辦學校則辦學條件較差。
第五，社會認識片面或因一些負面現象，導致家長和學生對民辦中國小不能公平評價。
雖然民辦教育發展多年，但是在家長和考生心中還是存在或多或少的偏見，尤其是對一些普通的民辦中國小，對他們的評價往往不夠客觀，這在一定程度上打擊了民辦基礎教育發展的積極性。民辦基礎教育需要得到認可和鼓勵，儘管國家層面正逐步重視民辦教育發展，但在社會層面上扭轉觀念還是需要一段時間。
擴展：民辦學校管理規定
1.校長要做到“五清楚”：
一是對每天遲到、早退、曠工（或曠課）的教師或學生的原因，去向必須清楚；
二是對學校校舍、設備設施是否有安全隱患必須清楚；
三是對學校師生食堂、校內食品衞生安全情況必須清楚；
四是對校園周邊不利於學生安全和健康的交通、攤點、等環境情況必須清楚；
五是對學校制訂的安全制度規章的落實情況必須〖〗清楚。
2.分管安全副校長要做到“五落實”：
一是對具有安全隱患的無幫曠課情況必須進行調查落實；
二是對學生在上學放學路上交通安全行為調查落實；
三是對食堂、周邊小賣部的食品的進貨渠道和質量檢驗手續是否守備進行落實；
四是對教師反饋辦公設施、活動設施、水電等安全隱患及時處理落實；
五是對心理不健康、行為有異常的學生要及時調整和處理落實。
3.值周、值日校級行政人員做到“五必查”：
一是對師生缺崗情況每日必查：
二是對課餘、課間期間學生違紀易導致安全隱患的必查。如做危險遊戲、追趕、打鬧、手持兇器、危險物品等；
三是對來往校外人員情況必查事由；
四是對食堂的飯菜質量、衞生情況必查；
五是對學校辦公設施，活動設施、水電設施安全狀況必查。
4.班主任要做到“五做到”：
一是每天堅持做到有針對性地對學生進行安全常識教育；
二是對遲到、早退、曠課的學生做到了解原因、跟蹤調查，家校互通，做好轉化工作。
(一)執行會計制度不統一不規範
各學校採用的會計制度不統一，目前使用較廣的為《民間非營利組織會計制度》、《事業單位會計制度》、《企業會計制度》、《小企業會計制度》。由於執行會計制度不一樣，財務核算口徑不一致，造成學校之間的財務狀況難以評定。
(二)開辦資金不到位或挪用辦學資金
《民辦教育促進法實施條例》第五條規定：“民辦學校的舉辦者可以用資金、實物、土地使用權、知識產權以及其他財產作為辦學出資。”但一部分的民辦學校投資後，採取各種方式將錢轉移或將資金挪作他用。
(三)財務管理不規範
一些民辦學校不重視財務管理，沒有建立相應財務制度，財務操作和開支標準均掌握在舉辦者手裏；一些民辦學校將小部門資金由出納人員保管，大部分資金存放於舉辦人處，公私不分；一些民辦學校的財會工作由非財會專業的親戚擔任。這種家族式管理的結果，導致民辦學校缺乏制約機制，財務管理混亂；一些民辦學校根本就不設財務機構，導致資金跑、冒、滴、漏相當嚴重，影響辦學效益。
(四)違反規定收取費用
《民辦教育促進法》中規定民辦學校對接受學歷教育的受教育者收取費用的項目和標準由學校制定，報有關部門批准並公示，但一些民辦學校收費標準不公示，超標準收費，擅自增加收費項目，把辦學作為一種賺錢的工具；一些民辦學校收費未按規定向有關部門申請辦理收費許可證，不進行亮證收費，違反國家有關教育收費政策；收取的費用不使用合法的票據，而是使用外購的“三聯式收據”，其存根也不保管，並且不按開據的收據入賬。
(五)會計核算不規範
一些民辦學校由於會計人員業務水平低以及財務會計制度缺失，導致會計核算不規範。如外來原始憑證中“白條”較多，不符合會計法的相關要求；應該設置科目不設置；另外，有些民辦學校還存在會計科目使用不當，帳薄設置不規範，登記賬簿不符合規範要求，報表不編制或編制不及時的現象。
(六)資產管理不規範
一些民辦學校法人財產權沒有落實，有的學校對舉辦者投入學校資產不履行過户手續，學校對其沒有法人財產權；一些民辦學校對固定資產管理不規範，沒有明細賬，沒有卡片記錄，長期不盤點，存在待報廢的現象；一些民辦學校對貨幣資金管理也不規範，學校收入不存入銀行，大部分收支通過現金核算。
高素質人才總量很少。
民辦學校相對公辦學校，辦學歷史較短，政策待遇懸殊，缺乏高素質人才積累，如果完全依賴自身的培養，則需要相當長的一段時間才能形成一支高素質的師資隊伍。通過各種渠道引進人才，則能夠在較短的時間內提高師資質量，而人才引進需要很多的物質條件和軟環境作為基礎，絕大多數民辦學校所提供的薪酬待遇缺乏競爭力等因素給人才引進帶來了壓力，使得民辦學校的高素質人才總量很少。
重使用、輕培養。
民辦學校因為資金壓力較大，較多考慮目前利益和辦學成本，普遍只注重人才的使用，不注重培訓，師資培訓投入嚴重不足。只有使用，沒有提升，現階段不少民辦學校的專職教師很難達到高素質人才的要求。
流動性大。
近年來，除了公辦學校尤其是名牌公辦學校不斷增加高素質人才外，一些國有企業也想方設法吸引高層次人才加盟，高素質人才相對於一般人力資源而言更具有稀缺性。目前，民辦學校普遍存在人才流動率偏高的問題，有的民辦學校教師每學期的離職人數高達50%。
辦學動機仍以逐利為主。
有一部分民辦學校舉辦者主要辦學目的還是營利賺錢，教育價值觀和教育精神相當匱乏，缺乏高尚的辦學動機和長遠的辦學規劃，學生和教師的主體地位沒有得到落實，民辦學校難以吸引追求事業發展的。高素質人才。
人才引進不規範。
民辦學校在教職工引進中，將先解決學校的學歷結構放在首位，表現出極大的盲目性。沒有從自身的學科建設和師資隊伍建設的實際需要出發，制定出遠近結合、重點突出的人才引進規劃和年度引進計劃，對要引進的人才沒有做好科學的調研和論證。
缺乏對教職工系統的培訓。
重要表現在學校經費、政策上沒有給予足夠的重視。絕大多數的民辦學校對教師的進修、培訓持謹慎態度，尤其是缺乏對青年教師的培訓。同時，民辦學校教師工作量較大，教師教學任務重，較少精力和時間去進修、培訓。
薪酬激勵體系不完善。
由於民辦學校辦學資金主要來自學費收入，當面臨招生困難的時候，很多民辦學校把教師的工資降低到較低的標準。另外，民辦學校福利相對匱乏，教職工的社會保障跟不上。激勵方式相對單一，認為只有高薪酬才能調動教職工的積極性，而忽視了人文關懷等非物質激勵。
缺乏對教職工的職業生涯規劃。
沒有建立共同願景，未能重視學校與教師共同發展。幫助教師制定一份有效的職業生涯規劃，能夠促進其與學校共同成長，共同發展，我國民辦學校在這個方面還是空白。
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