牛根生離開“伊利”後，他手下的幾十名得力干將大部分被“清洗”。1998年底，牛根生來到了北大光華管理學院讀書，他一邊總結自己16年的經驗和教訓，一邊聽著名教授講學，默默充電，一個從頭再來的計劃漸漸成熟於胸。
1999年，一幫被鄭俊懷“清洗”的弟兄到北大找到牛根生訴説苦衷。牛根生知道大夥的`心思，説道：“咱們註冊一家公司，從頭再來吧！”十幾個弟兄的手緊緊握到了一起。
1999年3月29日，伊利董事會正式宣佈牛根生辭去副董事長和副總職務的消息。牛根生也從北大回到了呼和浩特，但是因為牛根生提前回到呼市，鄭俊懷不給牛根生報銷1萬多元的北大學習費用，牛根生感到了徹骨的心寒。牛根生回到呼市後，十幾個舊部聚集到牛根生身邊，他們一共籌集了100萬資金，註冊了一家乳業公司，取名“蒙牛”。當鄭俊懷聽到牛根生等人註冊蒙牛公司時笑了：“可笑，100萬幹得了什麼事？”但是，令鄭俊懷沒有想到的是，牛根生的公司一成立，伊利公司的生產、銷售、技術人員紛紛過去投奔牛根生，幾個月間竟然有300多人，他們寧願放棄優厚的待遇而願意跟着牛根生重新創業！
這一下鄭俊懷慌了，自己放棄的牛根生是一條龍啊！果不出鄭俊懷所料，“蒙牛”弟兄憋足了氣，牛根生指揮若定，“蒙牛”乳業在國內從無到有奇蹟般地迅速崛起。“蒙牛”和“伊利”同在呼市，狹路相逢、短兵相接。“伊利”開始對“蒙牛”進行抵制，要求經銷“伊利”的經銷商絕對不能經銷“蒙牛”，否則取消經銷權，然而，“蒙牛”自己的經銷網迅速建立起來。1999年5月1日，一夜之間，呼市48塊蒙牛廣告宣傳牌被人砸爛，暴行遭到了媒體的一致譴責，但牛根生非常冷靜，保持着極大的剋制。“蒙牛”的忍讓和剋制竟然使人氣和銷量大漲。
“蒙牛”迅速崛起，並且，蒙牛是民營企業，經營靈活，而伊利是國有控股企業，很多經營上的決策並不那麼靈活，這一切使鄭俊懷感到了巨大的壓力。這一年鄭俊懷49歲了，他越發感到對“伊利”全面掌控對他很重要。雖然在經營管理上他是絕對權威，但是，“伊利”畢竟是國有控股的集團公司，只有控制上市股才能全面控制伊利公司，即使將來退休，他也可以通過控股掌控公司。1999年5月，持有“伊利”總股本的2.68%的“伊利”股份第二大股東呼和浩特立鑫實業開發公司準備轉讓股份，鄭俊懷明白，收購立鑫公司的股票就等於成為伊利的第二大股東。然而收購資金尚缺1500萬，錢從何出？鄭俊懷聯合幾個心腹，繞過公司董事會祕密成立了“華世商貿公司”，專門用來收購立鑫公司股票。
爾後，鄭俊懷指使呼市八拜奶牛場場長郭順喜以奶牛場的名義向銀行貸款1500萬元，供“華世商貿”購買股票。2000年12月，“華世商貿”又以“伊利”股份作為抵押，從建設銀行呼市新城西街支行貸款1500萬元，歸還給八拜奶牛場。而“華世商貿”的股東就是鄭俊懷和幾個高管的直系親屬的名字。
鄭俊懷的“華世商貿”完成股票收購後，正想緩口氣，發現氣勢如虹的“蒙牛”在2002年已經躋身中國乳業前四強。鄭俊懷沒想到，只經過三年時間，另起爐灶的牛根生就與他平起平坐，而且，大有超越他的趨勢。2003年4月，“蒙牛”牛奶被確定為“中國航天員專用牛奶”，其氣勢如貫長虹。
為做大“伊利”同“蒙牛”競爭，2004年5月26日，鄭俊懷在董事會上提出12個投資項目，總投資額達12.9億元的宏偉計劃，但是遭到獨立董事俞伯偉等的強烈質疑，要求聘請一家審計公司對集團公司資金流動與國債買賣交易以及華世商貿公司等進行專題審計。這觸到了鄭俊懷的痛處和軟肋，他召集董事會以強權罷免這些敢和他頂撞的董事。然而這次鄭俊懷的絕對權威遇到了更大的權威，6月26日，中國證監會內蒙古監管局核查小組進駐伊利集團進行調查。
2004年12月17日，呼市政府通知伊利集團中層以上領導幹部開會。呼市主要領導和自治區檢察院領導到場，宣佈了以涉嫌挪用公款罪對鄭俊懷以及楊桂琴等四名高管刑事拘留。2005年1月5日，鄭俊懷被正式逮捕。
鄭俊懷終於栽了。然而，得知消息的牛根生並無一點欣喜，面對人們要求他評論鄭俊懷，牛根生只有一句話：“沒有鄭大哥的培養，就沒有我牛根生的今天！”
鄭俊懷被檢察機關帶走後，牛根生輾轉打聽得知鄭俊懷被關在包頭看守所裏，他當即託人給鄭俊懷捎去1萬塊錢生活費；又給鄭俊懷92歲的老母捎去1 萬元，只説是她兒子帶來的生活費；然後又給鄭俊懷妻子送去1萬元。2005年2月，鄭俊懷的女兒在加拿大留學，學費不足，鄭妻找上門來，牛根生當即籌集了 30萬，其中牛根生一個人便拿出了10萬。當牛根生把這些錢送到鄭妻手中時，這個在丈夫出事後一直堅強支撐的女人，終於忍不住放聲痛哭起來。她説：“你不計前嫌，是難得的好人啊……”
2005年12月22日，包頭市中院判決後，鄭俊懷提出上訴。好在“伊利”並沒有因為失去鄭俊懷而沉淪，“伊利”在新總裁潘剛的帶領下取得了一系列新的業績，呼和浩特市因為“伊利”和“蒙牛”而成為中國乳都！
然而，隨着集團公司的規模越來越大，鄭俊懷和牛根生兄弟感情也漸漸出現了微妙變化。
牛根生為人十分仗義。1996年，公司撥款18萬元給他配備一輛桑塔納轎車，但他卻用這18萬元買了一輛舊東風大客車、一輛華西中客車和兩輛小貨車，用來接送上下班員工和運輸貨物。此舉贏得了員工們的一片讚揚。鄭俊懷不知牛根生葫蘆裏賣的是什麼藥。但是牛根生分管業務利潤連年翻番，他也不便説什麼。
鄭俊懷為人友善謙遜，善於穩紮穩打；而牛根生像一頭上足發條的猛牛，既能夠衝鋒在前，又能聚攏一批人才策劃出獨到的營銷方案。牛根生作為副總分管了技術中心、調度、質管、基建、牛奶公司、供應公司、動力公司、銷售公司、冷凍公司等十幾個公司和部門，分管的員工佔到了伊利員工的80%，鄭俊懷感到了隱隱的不安，而牛根生一心工作對此渾然不覺。
1996年底，有位叫郝義的工人因癌症急需救治，公司組織捐款，牛根生率先捐了1萬元。鄭俊懷來捐款時，看見牛根生捐1萬元，臉色很難看。他事後對別人説，他副總率先捐1萬，我老總該捐多少啊？
有朋友善意提醒牛根生，不要搶了鄭總的風頭，牛根生這才注意到鄭總對他的態度開始有了微妙的變化，以前鄭總對他的建議總是點頭説好，現在卻總是説“考慮考慮”。從此，每當有媒體宣傳報道公司時，牛根生自覺地躲到了幕後。但是，他對公司的業務最熟，媒體找到他，不喜約束的性格又讓他滔滔不絕講開了。
一次出差，鄭俊懷出門招了一輛的士就去了機場，而後牛根生卻被客户的“奔馳”送到機場，正好被鄭俊懷看到，鄭俊懷臉色便陰沉下來，牛根生也十分尷尬。事後才瞭解到，客户準備了兩輛“奔馳”，哪知鄭俊懷早早打的走了，不明就裏的牛根生於是坐着“奔馳”到了機場。雖説是誤會，但鄭俊懷已經感到，牛根生已經同他平起平坐了，並且有時風頭壓過了自己。
鄭俊懷是伊利集團的創始人，沒人能與其權威相比，然而，當牛根生等一批精英成長起來時，鄭俊懷感覺到了前所未有的挑戰，特別是對於牛根生這樣可與之比肩的人物。他開始注意強化自己的絕對權威，凡是不聽命令自作主張的，一律免職或辭退，從1996年開始，被他免職或辭退的公司高管達十幾個人。董事會也基本上成為他的一言堂。
牛根生感到很壓抑，一方面要抓好生產和銷售，一方面要小心翼翼維護鄭總的權威。1998年初，為消除誤解，牛根生找到鄭俊懷，向他誠懇地彙報了自己的想法。鄭俊懷顯得很寬厚，以兄長的身份對他説道：“你呀，就是太沖，喜歡把功勞記在自己賬上，只提過五關斬六將，不提走麥城！以後注意就行了！”
牛根生以為和大哥消除了誤會，就全身心投入了工作。但是，1998年的運作資金卻遲遲不到位，他多次催促財務，財務則回答要鄭總批，找鄭總卻常常不在。到後來，牛根生批幾十元的經費也報銷不了，他只好拿出自己上年工資獎金108萬元墊付生產經營。
1998年5月，集團公司在鄭州召開會議，定奪是否擴大冷凍生產，牛根生在會上忍不住説：“這屆領導班子幹不了大事！”一語驚四座，鄭俊懷臉色一沉，拂袖而去。
牛根生知道自己又闖了禍，一個高管提醒他：“前段時間鄭總住了幾天院，你不但不去看他，今天還頂撞他，你究竟要幹什麼啊？”牛根生一聽傻了，鄭總住院他確實不知，他如果知道鄭總住院焉有不去看之理？他覺得自己有口難辯了，資金不到位，任務完不成，這不是逼着自己辭職嗎？
牛根生心情沉重找到鄭俊懷説：“鄭總，咱們倆在一起十多年，你是我的老領導、老大哥，你現在有這個意思，那麼我給你寫個辭職報告，你給我一個好的歸宿就行了！”鄭俊懷未置可否。牛根生失望而去，隨即給鄭俊懷寫了一封情真意切的辭職信，但是鄭俊懷仍舊沒有表態，牛根生又交上一封辭職信，鄭俊懷幾天之後對牛根生説道：“怎麼會呢？我沒這個意思啊！”然而牛根生的業務仍然沒有經費保障。
萬般無奈，牛根生想找個退路，交出原來的工作，去創辦一個海鮮大排檔，然而，鄭俊懷明確提出，既不準牛根生辦，也不準伊利人投資，徹底斷了他的退路。牛根生明白了，在伊利公司已沒有了他的落腳之地！
1998年11月，公司召開董事會，牛根生正式提出辭職，他依然很衝：“我幹得沒毛病，我什麼理由也沒有，唯一一點是我猜着了老總需要我這樣做，‘君叫臣死，臣焉能不死’。”鄭俊懷憤怒地站起來説：“這根本不是事實，三次辭職報告都是你自己拿出來的！”這時一旁的兩個副董事長捅了捅牛根生： “你也許誤解了老總吧！”牛根生想了想説道：“我考慮問題欠佳，那我就把辭職報告收回來吧！”當牛根生起身想去拿回辭職書時，鄭俊懷沒有給他，而是揮了揮手，讓他離開會場。牛根生離開會場後，鄭俊懷痛苦地哭了，一邊哭一邊向董事們陳述牛根生如何怠慢生產影響工作，一個半小時後董事會表決，同意牛根生辭去副總職務，但並沒有立即對外宣佈。
一名高管奉命找到牛根生談話：“你得離開呼和浩特兩年，公司安排你到北京大學學習，還有，你回來後不要再搞食品行業了！”無奈的牛根生，只好一個人愴然離開打拼了16年的伊利集團，離開了呼和浩特。伊利員工事後知道消息，一片震驚和譁然！
鄭俊懷十分欣賞牛根生敢作敢為的“牛脾氣”，他讓牛根生一家搬到食品廠宿舍，兩家住同一棟樓同一單元的上下樓，兩人常常就企業的經營發展交流。
1990年，食品廠的利潤達到了100萬，鄭俊懷告誡牛根生不要驕傲自滿，要多學習現代企業管理，準備將來幹大事業。在鄭俊懷的影響下，牛根生系統地學習了企業管理理論，並在日後取得了中國社會科學院研究生院工商管理碩士，而鄭俊懷也在不斷奮進，取得了工商管理碩士學位和高級經濟師職稱。
回民奶食品廠的規模不斷擴大，為了發展更多奶牛和建設冷庫，鄭俊懷爭取到自治區原計委的100萬扶持資金，再貸款300萬，籌建冷庫。不料，就在接近完工時，由於施工單位違章操作，冷庫起火，望着鉅額貸款修建的冷庫被無情的大火吞噬，鄭俊懷心痛至極。“我隨火一塊去了！”鄭俊懷一頭衝進火裏欲同歸於盡，牛根生眼疾手快將鄭俊懷死死拉住。然而，情緒失控的鄭俊懷還是拼命衝向火裏，火光中牛根生急得大喊：“鄭大哥，難道你忘記了你娘嗎？你娘不是對你説越艱難越要堅持嗎？”鄭俊懷這才猛然驚醒。他鼻子一酸，緊緊握住牛根生的手，一句“好兄弟”後就再也説不出話來了。
面對貸款壓力，牛根生與鄭俊懷同舟共濟，充分運用內蒙得天獨厚的奶業優勢，兩年後將貸款全部還清。1992年，鄧小平發表南巡講話，1993 年，鄭俊懷率先在呼市對回民奶食品廠進行股份制改造，改名為國有控股的“伊利實業股份有限公司”，鄭俊懷為公司總經理，牛根生被任命為公司副總經理之一，主管冰淇淋、雪糕生產。
牛根生領命後，帶領一班極具創意的年輕人，經過精心策劃，掀起了“伊利苦咖啡”冰淇淋風暴，廣告從省市打到了中央電視台，其廣告語“苦苦的追求，甜甜的享受”婦孺皆知。這一年，苦咖啡單品銷售突破了3億元！伊利的品牌開始在全國嶄露頭角。
1996年，牛根生和手下干將們策劃“伊利雪糕進軍亞特蘭大奧運會”取得成功，伊利雪糕風靡全國。伊利公司的規模迅速擴大，鄭俊懷非常欣慰，稱牛根生是自己的左膀右臂。同年，伊利集團成立。鄭俊懷成為集團公司董事長、黨委書記兼CEO，牛根生成為主管生產和銷售的副董事長和副總。這一年，伊利集團成為全國乳品行業第一家上市公司。此後的伊利引進現代企業管理制度，業績一路飆升，至2004年時，“伊利”品牌價值以127.87億元位居中國食品行業首位！
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