1、綜合組：
負責項目建設資料收發歸檔、文字文書、信息報送、會議組織；負責與市政府、市直單位的綜合對接、文件傳輸；項目建設的宣傳報道和新聞媒體的對接；負責項目指揮部辦公用品、耗材物資、辦公設施設備維修保障等工作，保障指揮部日常工作正常運轉;負責園區料理通行證的管理。
2、工程技術組：
負責做好指揮部決策指揮參謀工作；項目建設過程中各類工程技術問題解決；內部裝修建築平面佈局、功能佈置、設施設備、醫療流程設計等相關工藝流程的審核；負責項目工程質量、進度及項目現場管理、安全文明工程項目管理工作；管理監理公司、諮詢公司、造價公司等；協調已完成招標各施工單位和各相關單位之間配合、交叉施工工作。對工程建設相關單位上報預付款、進度款等相關款項的審核，並提請項目部會議研究。
3、設備信息組：
負責醫用裝備配備和醫院智能化系統建設；統籌規劃所需醫用裝備的種類和數量，科學配置醫用裝備的規格、型號；明確智能化系統的技術要求和功能定位；做好設備安裝和施工期間的協調和監督工作，保證大型醫用設備及智能化系統的工作質量和進度；做好與信息系統和醫用設備有關的其他工作。
4、財務組：
負責做好園區項目建設資金的計劃編制、資金管理和使用。負責編制項目建設資金的投資計劃、資金預算和報表上報工作。做好日常會計憑證的審核記帳、賬務處理和會計核算工作。負責做好政府採購項目申報批覆、固定資產、財政票據的管理。負責做好工程項目建設資金的審核支付工作。
5、調概組：
負責按照原概算編制文件與實際工程建設情況進行類比，根據有關文件審查各類概預算費用，準備相關資料與主管部門對接概算調整工作，並保證過程文件材料的完整、準確、系統。
6、搬遷協調組：
負責整體搬遷工作的方案制定和整個搬遷過程的組織和協調。
7、後勤保障組：
負責做好搬遷過程中的後期保障工作，負責管理搬家公司、組織搬運工人，落實貨運車輛等搬遷前的準備工作；負責驗收搬遷前新院區的衞生保潔情況；負責組織保安力量，確保搬前、搬中、搬後全過程中的秩序和安全；負責提前對接新園區基礎設施，如水、電、空調、氣、網絡、通訊等，需具備搬遷後的正常使用功能；負責搬遷過程中的應急預案，確保搬遷工作順利完成。
8、技術顧問組：
定期請相關領域專家對項目建設進行現場技術指導，並提出指導意見。對項目建設過程中的重大事項，進行諮詢和把關。如合同審核、政策把握、瞭解國家相關規範等。
9、檔案資料組：
負責工程項目合同、資料圖紙、洽商記錄、文件及函件的整理、借出、保存以及工程圖紙變更等各項工作；隨工程項目的開展進行同步收集和整理有關工程項目資料；負責工程項目施工過程中對建設單位、監理、總包及相關協作單位資料的收發；負責工程準備階段、竣工結算階段形成的立項依據性批文、批覆文件等資料的收集、編制、整理立卷歸檔及移交。
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