2007年：決戰時空之塔
為了參加下一場神奇寶貝華麗大賽，小智、小光和小剛一行人來到了白楊鎮（網譯阿拉莫斯鎮）。當然跟蹤在他們後面的還有向來在劇場版中戲份不多的火箭隊。可是一登場就悲劇性地被附和氣球和飄飄球吹跑了。
他們在鎮上遇見了一個名叫艾麗絲的漂亮女孩。艾麗絲帶着大家四處遊覽，並參觀這裏的標誌性建築——時空之塔和一座美麗庭園。在這座庭園裏，小智發現了可疑的影子。巧遇的艾伯特男爵告訴他們，這是噩夢神奇寶貝達克萊伊。果然如他所言，達克萊伊出現在大家面前，又攻擊了小智，使他陷入昏迷，在小智的夢境裏，達克萊伊似乎想傳達一些信息。
接着，達克萊伊再度現形於廣場，用絕招讓許多人和神奇寶貝陷入沉睡之中。艾伯特男爵為了捕獲達克萊伊派出了突擊隊，卻反而鬧出了更大的亂子。
艾麗絲的好友東尼歐是天才建築家古狄的曾孫。高第設計並建造了位於白楊鎮中心的時空之塔，這裏本來也是此次華麗大賽的會場。東尼歐在曾祖父的日記中發現了幾行神祕的預言。正在此時，白楊鎮發生了空間異常，所有的人都被封在了鎮裏。
原來，空間異常是神奇寶貝——掌管空間的帕路奇犽造成的。它在和另一隻神奇寶貝——掌管時間的帝牙盧卡的戰鬥中受傷，逃到了這裏。而達克萊伊察覺了帕路奇犽的存在，對之展開攻擊，帝牙盧卡也追着帕路奇犽從異次元空間來到這裏加入了混戰。白楊鎮因無法承受這場震動時空的大戰，面臨着毀滅的命運，小智一行人又該怎麼辦呢？
2008年：冰空的花束
反轉世界是存在於這個世界內部的鏡子般不可思議的世界。
那個美麗而規則的世界，是騎拉帝納（網譯冥王龍）棲居的特殊空間。然而帝牙盧卡和帕路奇犽的戰鬥造成了時空的扭曲，反轉世界也因此完全被陰霾籠罩。由於自己的世界被污染而被激怒的騎拉帝納找到了帝牙盧卡，並想將其拖入反轉世界中。另一方面，在繼續旅行的小智和皮卡丘一行的面前出現了一個小小的，幾乎看不見的精靈。那是有[花媚]之稱的，感謝神奇寶貝潔咪（網譯雪米）。
被捲入帝牙盧卡和騎拉帝納的戰鬥的潔咪在千鈞一髮之際從反轉世界逃出。潔咪用心電感應將小智一行帶到了它的格拉西玳亞花園，並告訴他們在這[格拉西玳亞之花]中隱藏着巨大的祕密。正準備離開神奇寶貝中心的小智等人遇到了前來捕捉潔咪的火箭隊。而與此同時，神奇寶貝中心外的裝飾品的鏡面上出現了[次元旋渦]，將火箭隊、潔咪連同小智一行人一起全部帶往了反轉世界。
從次元旋渦中脱出的小智一行人環顧四周，這裏是倒立着一排排建築物，空中處處漂浮着烏雲的，廣大而不可思議的反轉世界。就在這時，騎拉帝納突然出現，向潔咪發動攻擊。小智等人正要與騎拉帝納對抗，卻傳來制止之聲。説話者是名叫無限的學者，他告訴小智等人不可以讓冥龍王生氣。正在小智一行在無限的幫助下向現實世界回返之時，企圖利用騎拉帝納的力量支配世界的，駕駛着高科技母艦[百萬力霸]的謎之青年，ZERO出現了。和潔咪一起繼續着探索花園之旅的小智一行沒能逃過ZERO的追蹤。格拉西玳亞之花中隱藏的祕密是什麼？潔咪真正的力量又是？（該部特別篇中還出現了雷吉奇卡斯）
2010年：幻影的霸者索羅亞克
王冠市是個水與綠茵、古街道與近代建築完美調合的城市。為了觀看正在這裏舉辦的『神奇寶貝足籃世界盃』，小智一行人向王冠市前進。 在旅途中，小智們與正在尋找同伴的神奇寶貝『索羅亞』（網譯佐羅亞）相遇，並一起結伴同行。 就在此時，被稱為『索羅亞克』（網譯佐羅亞庫）的神奇寶貝竟然化身成為雷公、炎帝、水君的模樣，在王冠市的街道上大搞破壞。 就連相隔了20年再度回到這座城市的雪拉比，也面臨了危險…。 王冠市到底面臨着什麼樣的危機？幻影的霸者『索羅亞克』的身份究竟是？雪拉比的命運又會如何？小智和皮卡丘是否能夠解救城裏遭遇危險的神奇寶貝們？
2009年：超克的時空
小智一行、皮卡丘和波加曼走過一大片草地。他們來到一條河邊，決定下去游泳。在水中，他們看到有西瓜順水流往下游漂。他們剛撿起一個西瓜來，便看見一個男孩和一個藍髮女孩將網撒到水裏。原來他們在用這種方法讓西瓜變涼，雖然有幾個西瓜漏了出去。小智和平時一樣向他們發起了2對2的挑戰，這次是皮卡丘和波加曼對陣狩獵鳳蝶和赫拉克羅斯。戰鬥結束後大家一起吃了西瓜，然後小智一行離開。
接下來他們來到一座湖邊。天空突然裂開，水流湧起形成一股龍捲風似的渦流，將除小剛以外的所有人捲了進去。小剛把小智和小光拉了出來，然而皮卡丘和波加曼卻被渦流捲到高空，向天空的裂縫而去。西娜和凱文出現，看到了這一目。西娜開始祈禱，帝牙盧卡從自己的空間出現，將皮卡丘和波加曼從渦流中撞出來。小剛對西娜一見鍾情，衝上去抓住西娜的手……不對，那個其實是不良蛙的爪子，於是不良蛙又把他毒倒掉了。
騎拉帝納突然出現，用鬼火向帝牙盧卡發動襲擊。兩隻神奇寶貝戰鬥了一段時間。西娜試圖用她的心電感應力量與騎拉帝納溝通，但騎拉帝納在感應世界裏回絕了西娜的調停並將她撞開，導致連接中斷。小智走到騎拉帝納面前，問它是否還記得自己。騎拉帝納盯着小智看了一會兒，然後想起來自己在冰空的花束裏載着小智飛的場面，於是暫停了對帝牙盧卡的攻擊。西娜與兩隻神奇寶貝進行交流，消除了它們之間的矛盾。帝牙盧卡在空中轉圈圈飛了一會兒，西娜説它對小智能阻擋住騎拉帝納的攻擊非常驚訝。
另一個時空中，一條巨大的裂痕劃破空間。現實世界裏，又一輪的水之龍捲風形成。帝牙盧卡被渦流捲入無法脱身。帕路奇犽從自己的時空中出現，救出了帝牙盧卡。西娜再次與神奇寶貝們交流，安慰它們的受傷的情緒，兩隻神奇寶貝於是和好。三隻龍系神奇寶貝離開，各自回到自己的時空之中。
小智一行人跟着西娜和凱文來到一個房間裏。西娜向他們展示了時空儀，並解釋哪一個球體代表着哪一個時空。她説自己和凱文在調查阿爾宙斯（網譯創世神）的傳説以及這個鎮子的歷史。帕路奇犽將白楊鎮恢復原狀時，他們就在鎮外。零的飛船墜毀後，他們二人也曾來到那座冰山前。西娜還把生命之寶玉拿出來給大家看，而站在門外的火箭隊也一如既往地開始覬覦這塊寶物……
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