在台灣抗清的延平郡王鄭成功南京是明朝的留都，在南京明朝設有形式上的基本的政府機關。1644年五月九年級日，崇禎皇帝的堂兄弟朱由菘被推為監國。十二天後，朱由菘即皇帝位，以次年為弘光元年。弘光政府內鬥不斷，內部由閹黨餘孽專權，弘光帝也不理政事沉湎在酒色。清軍一路南下，兵圍史可法所據的揚州城。史可法死守七日七夜，城破被殺。清軍隨後在揚州進行整十日的大屠殺，號為揚州十日。不久之後，清軍渡江，攻破南京，又在南京郊外進行大屠殺。弘光皇帝押解到北京後被殺。清軍佔南京後，又接連攻克蘇州、杭州、松江、常州等江南大部，下令剃髮。引發了漢族羣眾的強烈反抗。先後發生了“嘉定三屠”和“江陰八十一日”等抗清事件。但都被清軍絞殺。福王政府覆滅後，魯王朱以海即位監國於紹興，唐王朱聿鍵稱帝於福州。但是這兩個政權間卻屢有摩擦。
順治三年二月，清軍開始徵福建與浙江。六月，魯王兵敗，漂泊海上。八月，唐王被俘後絕食而死，十一月，鄭芝龍降清，唐王政府亡。之後，桂王朱由榔稱帝於廣東肇慶，改元永曆。桂王政權與已經被擊潰的張獻忠李自成殘部聯合抗清，一度收復湖南全境。但順治六年後，清軍大兵壓境，湖南再度淪陷。順治七年，清軍攻克廣州與桂林。永曆帝被迫退守南寧。順治八年，孫可望迎永曆帝入貴州安隆所，並進攻四川，一度收復了四川大部。李定國也進攻廣西，攻克桂林，直搗長沙，還進軍廣東收復了兩廣失地。但是，李定國孫可望兩名將領內部不和。順治十四年，孫可望勾結清兵大規模進攻雲南。順治十六年，清軍三路入滇，永曆帝逃往緬甸。順治十八年，吳三桂逼迫緬甸政府交出永曆帝。康熙元年，永曆帝在昆明被處死，同年，李定國病死於猛臘。
永曆政府滅亡後，鄭成功則堅持在東南沿海地區進行抗清活動。一度攻克過漳泉二府。永曆九年清軍重兵南下，鄭成功退守廈門金門兩地。永曆十一年，鄭成功被封為延平郡王。同時，鄭成功帶領水軍向舟山羣島進發。永曆十三年，鄭成功進入長江，攻佔下瓜洲、鎮江、江浦等地，進逼南京。結果被清軍擊敗，不得不回到閩南大本營。永曆十五年(順治十八年，1661年)鄭成功派兒子鄭經留守金廈，自己攻打台灣。永曆十六年，鄭成功逝世。鄭經從廈門來到台灣接手經營，並仍舊沿用永曆年號。1663年，鄭經放棄金廈兩島。1681年，康熙帝平三藩後開始着手佔領台灣。此時，鄭氏政權內部爆發內訌。1683年，康熙帝以施琅為水師提督進攻台灣。結果鄭克塽剃髮投降，明祚告終。
疆域和政區
明朝疆域
明朝疆域在嘉靖以前大體上是“東起朝鮮西據吐番，南包安南北距大磧，東西一萬一千七百五十里，南北一萬零九百四里。南海的“千里長沙，萬里石溏”盡入版圖。其聲教所訖，歲時納貢，而非命吏置籍，侯尉羈縻者，不在此數。嗚呼盛矣！(《明史·地理志》)
明朝初年，多次對蒙古用兵，並在與蒙古邊境一帶設置四十餘個衞所防衞，包括東勝衞、雲川衞、官山衞、全寧衞、老哈河衞等，這些都是明朝的邊防重地。其走向大致為陰山-大青山南麓-西拉木倫河一線。15世紀後，由於天氣轉寒，農耕不濟，加上邊塞軍隊被燕王抽調參與靖難之戰。因此邊境略有南移。在永樂期間，明成祖多次北伐，邊境形勢一度改觀。但在明朝中期以後，隨着蒙古的再次強大，明邊再次南遷。並修建長城(當時名為邊牆)以防禦蒙古，在長城沿線設置九邊(遼東、薊州、宣府、大同、延綏、寧夏、甘肅、太原、固原)重鎮加強防禦。長城也成為明朝中後期的北邊，同時也是農耕區與遊牧區的界線。
朱元璋設置遼東都司以經營東北。並多次進軍黑龍江流域，招撫女真部落，明朝勢力一度達到黑龍江口與庫頁島。1409年設置奴兒干都司，下轄130多個衞所，1434年廢棄之。正統年間後，蒙古兀良哈與建州女真部南遷，不斷侵犯遼東都司。1469年(成化五年)，明政府修建遼東邊牆。16世紀末開始，建州女真酋長努爾哈赤開始崛起，統一女真部，明朝設置的衞所遂漸消亡。1616年奴爾哈赤稱帝，建國後金。1619年薩爾滸之戰後，後金軍隊破遼東邊牆，佔領遼東都司大部土地。
洪武時期，明朝西北疆界達到今新疆東部哈密地區，並設置一系列衞所。15世紀後，西北吐魯番與青海蒙古部日益強大。1472年，哈密衞城一度被吐魯番攻破，衞內遷，後復，1514年再度被並。15世紀後半期後，西北諸衞全部喪失，明朝退守嘉峪關。
1381年明朝才將西南地區完全劃入疆域。並設置一系列土司、宣尉司管轄之，邊界達到緬甸中北部、老撾北部、泰國北部一線。但後期這些地區多被周遍國家所並。1406年明軍進攻安南，南限達到日南州一帶。次年設置安南布政使司，下設十五府、卅六州、兩百餘縣。後因當地人民反抗激烈，明朝政府於1427年放棄，安南恢復黎氏王朝。1624年荷蘭殖民者進入台灣南部，築熱蘭遮城。1626年西班牙殖民者進入台灣北部。1642年荷蘭趕走西班牙，佔領台灣大部。1661年鄭成功進攻台灣，次年驅走荷蘭人，開始統治台灣。1553年葡萄牙獲得在澳門停泊船隻權，1557年取得居留權。但明政府對葡萄牙人進行行政管理，依然擁有澳門的主權。
明朝行政區劃
明初曾沿襲元朝的行省制，但後來深感不便，於是進行改革。1376年(洪武九年)改行省為承宣布政使司，但習慣上仍稱“省”。1370年於各省設置一都衞，1375年改為都指揮使司。1428年棄安南後，明朝在全國設置兩京十三使司，包括京師(北直隸)、陝西、山西、山東、河南(以上為北五省)、南京(南直隸)、浙江、江西、湖廣、四川(以上為中五省)、廣東、福建、廣西、貴州、雲南(以上為南五省)。明代一共設置16都司、5行都司、2留守司。其中十三個是與布政使司同名的的都司，其它三個是萬全都司、大寧都司和遼東都司。五行都司是陝西(治甘州衞，今張掖)、四川(治建昌衞，今西昌)、湖廣(治鄖陽衞，今湖北鄖縣)、福建(治建寧府，今建甌市)、山西(治大同府)。兩留守司是洪武年間設置的中都留守司(今鳳陽)和嘉靖年間置於承天府(今湖北鍾祥)的興都留守司。此外，還有統轄黑龍江、松花江流域和庫頁島的奴兒干都司，在政教合一的青海、西藏地區設置有烏思藏都司、朵甘都司(實際控制為當地宗教首領八大法王分轄各政教中心的寺院，還有各諸侯家屬封地)，另有置於今甘肅、青海交界地區的哈密、曲先等衞，以上均屬羈縻性質，與內地的都司、行都司性質不同。
明朝實行一省分置都、布、按三司的制度，原為防止地方權力集中。宣德後開始派部(六部)、院(都察院)大臣以總督和巡撫的名義督撫地方行政。景泰朝之後成為各省常制。總督主要署理軍務，分短期與長期兩種。巡撫主理民政，每省皆有，有的一巡撫轄兩布政使地，如正統年間和山西河南巡撫。有的一省一巡撫。有的一省幾巡撫。如北直隸有順天巡撫(駐遵化)、保定巡撫(駐真定，今河北正定)、宣府巡撫(駐宣府鎮，今河北宣化，一度兼領山西大同府)三巡撫；南直隸有兩巡撫：應天巡撫(駐蘇州府，今江蘇蘇州)、鳳陽巡撫(駐淮安府，今江蘇淮安楚州)。有的在幾省交界處設置一巡撫，如南贛韶汀巡撫就越江西、廣東、福建三省。
明代的行政區劃設置大體符合山川形便之處，但仍有一些不合理之處。如南直隸就地跨淮北、淮南、江南三個地區。而嘉興、湖州、杭州三個太湖流域的府卻被劃入浙江省，與同為太湖流域的蘇州府分離。而河南省也佔據了局部的黃河以北土地。貴州省呈現中間窄兩邊寬的蝴蝶狀。根據《明史·地理志》記載，終明一朝有府140，州193，縣1138。而根據《明史·兵志二》記載，明有衞493，所359。此外，明還設置了介於省和府、縣之間的道。道分為分守道和分巡道兩種。明代並改元的路為府，以税糧多寡為劃分標準。糧廿萬石以上為上府。廿萬以下十萬以上為中府，十萬以下為下府。
政治制度
由於朱元璋雄猜好殺，洪武十三年，以宰相胡惟庸謀反伏誅，於是廢去宰相一職，並規定子孫不得復立。秦、漢以降實行一千六百餘年的丞相制度自此廢除，相權與君權合而為一，明朝早期皇帝大權獨攬，在世界政治史上只有路易十四時期的“朕即國家”可以類比。但由於國家事務繁多，皇帝無法處理，洪武十五年九月罷四輔官，仿宋殿閣制設內閣。其後的滿清政權也大多繼承了明朝的政治制度。內閣只為皇帝的顧問，相當於今日總統府祕書長的職務，奏章的批答為皇帝的專責。內閣大學士一職多以碩德宿儒或朝中大臣擔任，只照皇帝的意旨寫出，稱“傳旨當筆”。權力及地位尚不如過去的宰相。宣宗時期，由於楊溥、楊士奇、楊榮等三楊入閣，宣宗批准內閣在奏章上以條旨陳述己見，稱為“票擬”制度，又授予宦官機構司禮監“批朱”。票擬之法補救可君主不願面見閣臣之弊，但內閣大臣與皇帝溝通，全賴司禮監(宦官)。由是開啟明朝宦官專政之大門。為了加強對全國臣民的監視，明太祖還設立特務機構錦衣衞，明成祖又設立東廠，明憲宗再設西廠，合稱“廠衞”，由宦官統領，終明朝一代，宦官和內閣的鬥爭都未停止。
清代史家趙翼曾慨歎：“不知主德如此，何以尚能延此百六七十年之天下而不遽失，誠不可解也。”明朝是真正完全控制朝政皇帝的只有洪武永樂和崇禎三代，但是儘管如此，有明一朝卻能有276年的國祚，與秦、隋兩朝二世而亡，不可同日而語。其關鍵點就在於內閣優良的緩衝機制，正統以後的明朝，呈現出君主專制則衰落，內閣掌權則復興的特點。
主要機構
六部
明朝在中央設置吏、户、禮、工、刑、兵六部，與前代相比，明朝最初在每部增加尚書侍郎各一。胡惟庸案之後，朱元璋廢丞相之職，取消中書省。六部因此地位得到了提高。每部只設一個尚書，兩個侍郎，原有的各科尚書降為郎中。各部尚書和侍郎的官階也上升。其中以吏部(主管文官升遷)最為重要，户部人員最多。禮部(主管祭祀大典)與工部(主管公共建設)地位較低。
監察機構
在洪武十三年前，明朝還沿襲元的監察制度，設立御史台，有左右御史大夫各一名。洪武十三年後，朱元璋廢御史台。兩年之後，朱元璋設立新的監察機構—都察院。都察院下面設立監察御史若干人，分巡全國各省，稱為十二道監察御史。每道有監察御史三至五人，範圍大體為一省。但監察御史都駐在京師，有事帶印出巡，事畢回京繳印。到明末，監察御史分為十三道，共有一百一十人。
六科
明朝開始只設了給事中。到洪武廿四年，設都給事中六人，分吏、户、禮、工、刑、兵六科，每科一人。該制度基本是繼承了唐朝的門下省制度。六科官職品級雖低，然職權很高。他們可以不贊成皇帝的意旨。而該制度也發揮了一定的改善朝政作用。
五寺
五寺包括大理寺、太常寺、光祿寺、太僕寺、鴻臚寺。大理寺與刑部和都察院合為三法司，其職權與今日之最高法院相似。大理寺的首長稱為大理寺卿，也是九卿之一。其餘四個寺的卿職權較低。太常寺負責祭祀；太僕寺管理馬匹；光祿寺負責壽宴；鴻臚寺負責接待外賓。
內閣
在廢除丞相制度後，朱元璋親理政務，一度深感疲憊，於是設立四輔制度來輔佐政事。但這項制度效能不彰。洪武十七年後被廢。之後朱元璋請來幾位翰林學士幫忙輔佐，這些翰林學士的官職被命為“XX大學士”。這也就是所謂的內閣機構。
特務機構
明朝實行嚴密的特務政治。主要的特務機構包括錦衣衞、東廠和西廠，武宗時期還一度設有內行廠。
錦衣衞設立於洪武十五年，直接聽命於皇上，可以逮捕任何人，並進行不公開的審訊。在東廠設立後，錦衣衞權力受到削弱。
東廠成立於永樂十八年，是明成祖為了鎮壓政治上的反對力量而成立。地點位於京師東安門北。東廠的主要職責就是監視政府官員、社會名流、學者等各種政治力量，並有權將監視結果直接向皇帝彙報。依據監視得到的情報，對於那些地位較低的政治反對派，東廠可以直接逮捕、審訊；而對於擔任政府高級官員或者有皇室貴族身份的反對派，東廠在得到皇帝的授權後也能夠對其執行逮捕、審訊。東廠在設立之初，就由宦官擔任提督，後來通常以司禮監秉筆太監中位居第二、第三者擔任。
西廠設立於憲宗時期，首領為汪直。1482年後被廢。其後又被武宗短暫恢復。
內廠設置於武宗時期，首領為宦官劉謹，劉謹伏誅後，內廠與西廠同時被廢，僅留東廠。
其它機構
三公
包括太師、太傅、太保。這些官職都是虛弦。他們名為輔導太子，但實際上輔導太子的機構是詹事府。詹事府下設兩坊、一局、一廳。此外還有太醫院。太醫院附屬有生藥庫和惠民藥局。而翰林院遠較太醫院重要。翰林院首長則是翰林學士。
諸司
指不屬於各部院的司。主要指通政司和行人司。通政司負責傳遞公文，公告周知。行人司負責到地方上頒詔諭及赴外國作使臣。
外三監
包括國子監、欽天監、上林苑監。欽天監負責觀測星象。國子監是教育機構，有祭酒一人，司業一人，監丞一人，博士五人，助教十五人，學正十人，學錄七人，典簿一人，典籍一人，典饌兩人。上林苑監負責掌管皇帝的御花園，畜牧場與菜圃。
內十二監
為宦官衙門。事實上只有在這些衙門工作的宦官才是太監。包括司禮監、內宮監、御用監、司設監、御馬監、神宮監、尚膳監、尚寶監、印綬監、直殿監、尚衣監、都知監。以司禮監最為重要，監內的提督太監主管宮內一切宦官禮儀刑名。而秉筆太監在宦官極端專權時竟代替皇帝批公文。此外還設有四個司(惜薪、鐘鼓、寶鈔、混堂)，八個局(兵仗、銀作、浣衣、巾帽、針工、內織染、酒醋面，司苑)，合為內官廿四衙門。宮女也有六個局(尚宮、尚儀、尚食、尚寢、尚功等)，每個局下設四個司。
軍事制度
明代早期軍隊的來源，有諸將原有之兵，即所謂從徵，有元兵及羣雄兵歸附的，有獲罪而謫發的，而最主要的來源則是籍選，亦即垛集軍，是由户籍中抽丁而來。除此之外尚有簡拔、投充及收集等方式。此外，明朝中期以後又有強使民為軍的方式，不過都屬於少數，整體而言，衞所制仍然是最主要的軍制。
衞所製為在全國各地軍事要地設立衞所注軍，衞有軍隊五千六百人，其下依序有千户所、百户所、總旗及小旗等單位，各衞所都隸屬於五軍都督府，亦隸屬於兵部，有事從徵調發，無事則還歸衞所。
軍隊來源為世襲的軍户，由每户派一人為正丁至衞所當兵，軍人在衞所中輪流戍守以及屯田，屯田所得以供給軍隊及將官等所需。其目標在養兵而不耗國家財力，但明宣宗以後漸無法維持，軍人生活水平及社會地位日漸低下，逃兵也逐漸增加，軍備因此逐漸廢弛。
因此在嘉靖年間，在應付倭寇之亂時，將領戚繼光在浙江地區採用招募民兵加以訓練的方式，來取代不堪的衞所兵。 正因為明朝正規軍衞所軍的不堪用，故這些民兵，在明朝後期逐漸擔負起維持明朝有效統治的作戰部隊，而其中最為有名的就是戚繼光的召募以浙江人為主戚家軍，及袁崇煥所召募以遼東人為主的關寧軍。
外交
明朝初年，因為明初的朝貢貿易厚往薄來，造成許多日本人冒充朝貢使者到明朝這裏來騙取財物。日本實際上是處於割據狀態，沒有統一的中央政權，很多到中國來冒充朝貢使者的日本人沒有日本政府的管轄，朝貢完了以後他們滯留在中國沿海搶劫。這是明初的倭寇。為防止倭寇朱元璋就頒佈了海禁政策。從此之後，如果要來中國做生意，必需朝貢兼貿易，否則不予，這就是所謂的“朝貢貿易”，兼具有懷柔拉攏周圍國家的用途。明朝嚴格的貿易管制政策的影響導致正常貿易地下化，轉為走私貿易。貿易港集中地由廣東、福建轉往已為西方國家殖民地的菲律賓、印尼。而海上的維持秩序角色由於中國官方的消失而導致海盜集團猖獗。由於海上貿易仍在暗處進行，美洲銀器又大量流入中國，銀開始成為流行的通貨。
明成祖即位後，在永樂年間，派遣著名的的航海家三寶太監鄭和率遠洋船隊七下西洋，最遠到達非洲東海岸，又派遣吏部驗封司員外郎陳子魯出使撒馬兒罕、吐魯番、火州等西域十八國，加強了明王朝同世界各國的經濟政治上的往來，為中國走向世界做出了貢獻，體現了永樂王朝的鼎盛和開放。
明成祖之後，其子朱高熾繼位，也就是明仁宗。他聽從朝中一些大臣的意見，認為下西洋過於浪費，收效不大，宣佈停止下西洋的活動。不到一年，仁宗病，宣宗朱瞻繼位，改年號宣德。宣德五年(1431年)閏十二月初六日，派鄭和第七次也是最後一次下西洋。到了明憲宗年間，曾有太監向憲宗提議再次下西洋，於是皇帝下詔到兵部索要鄭和出使的海圖等資料。但由於劉大夏等官員認為下西洋為一大弊政，有害無益，因此將當年鄭和出海地圖等資料藏匿起來(一説將其銷燬)，兵部尚書項忠命吏入庫搜索無果，再次下西洋一事於是作罷。後來倭寇橫行，明朝加大了禁海的力度，直到明穆宗隆慶元年(西元1567年)之後，倭寇逐漸平息，朝廷有鑑於對外貿易對沿海居民的重要性，才逐步解除海禁，使民間的走私貿易正當化，活絡的國際貿易也使中國進入了逐漸成形的世界貿易體系之中。
倭寇對明朝的海疆構成了嚴重威脅。期間雖有朱紈和張經的抗倭，但最後都未能取得完全的成功。為防止倭寇的侵擾，世宗時期實行海禁，斷絕對日貿易。直到戚繼光等名將力行抗倭，倭寇才被剿清，海疆形勢才趨於平靜。豐臣秀吉統一日本後，意欲佔領朝鮮。萬曆廿年，日本進攻朝鮮，朝鮮國王逃到義州並派使節嚮明朝求救。明朝取得戰爭的勝利，中日進行和談。但萬曆廿五年後，日本再次進攻朝鮮。萬曆廿六年，豐臣秀吉死，日本軍結果大敗逃回日本。此即為壬辰衞國戰爭。
明朝邊境上最大的兩個威脅明朝安全的部族是蒙古和女真，時人稱其為北虜和東夷。在明朝初年武功強盛時，一度將蒙古驅至漠北。之後伴隨明朝的衰落，蒙古各部也多次進攻明朝，諸如土木之變和庚戌之變，明朝的疆界因此內縮，也大大消耗了明朝的國力。俺答汗後期開始於明朝通好，其後的三娘子繼承了和平的政策。明蒙之間邊境安寧和平，互通有無。這種情況直到後金控制蒙古後才告結束。明朝早期曾經設置奴兒干都司來管理東北諸部，但後期東北的蒙古部和女真部日益強大，奴兒干都司被廢，明朝在東北的控制力下降。十七世紀後，建州女真首領努爾哈赤統一了女真各部，降服蒙古，於1616年建國後金，與明朝分庭抗禮。後金佔領的遼東大部土地，嚴重威脅明朝的安全。最終趁明朝亡於農民軍而入侵關內，統治了中國267年。
公元16世紀，新航路開闢以後，葡萄牙人於1511年佔領了馬六甲，愈甚渴望對中國的往來。明武宗正德七年(1513年)，葡萄牙國王派出一支對華使團前往中國，並在廣州登陸，希望與明政府建交。後來，中國皇帝同意葡萄牙人在澳門開設洋行，修建洋房，並允許他們每年來廣州“越冬”。這是西方列強第一次正式性的登陸中國並接觸中國。西方國家的東來，也使不少新鮮事物傳入中國。
明神宗萬曆二十年(1592年)，羅馬教皇派出利瑪竇去中國教區工作。由於萬曆援朝之戰的爆發，利瑪竇一行沒能及時到達中國。後來戰爭中國得勝，利瑪竇才能進入中國境內。由於利瑪竇很快學會中文，並穿儒服、通儒書，他頗得明朝士大夫好感。後來他被舉薦到北京，頗得神宗信任。他向中國進獻坤輿萬國全圖、自鳴鐘、日晷、西洋炮、望遠鏡、火槍、西藥、聖母像、十字架等貢品，先後在北京、肇慶等地展出。利瑪竇不僅傳播天主教，還啟發徐光啟、李之藻等人學習西學。另外他還將中國各種文化傳入歐洲，如儒家思想、佛道學説、圍棋等，可謂“貫通中西第一人”。另外，有不少明朝軍隊裝備相當數量的火器，包括西洋“紅衣大炮”“佛郎機炮”和中國自己發明改造的種類，當時有人評價，這些改造的火器，“猶勝西番”。
明朝帝王
太祖 開天行道肇紀立極大聖至神仁文義武俊德成功高皇帝 諱元璋，字國瑞，姓朱氏。先世家沛，徙句容，再徙泗州。父世珍，始徙濠州之鐘離。生四子，太祖其季也。母陳氏。年號洪武(1368年-1398年) 應天孝陵
惠宗(惠帝) 嗣天章道誠懿淵功觀文揚武克仁篤孝讓皇帝 諱允炆。太祖孫，懿文太子第二子也。母妃呂氏。年號建文(1399年-1402年)無陵
成祖 啟天弘道高明肇運聖武神功純仁至孝文皇帝 諱棣，太祖第四子也，母孝慈高皇后。年號永樂(1403年-1424年)長陵
仁宗 敬天體道純誠至德弘文欽武章聖達孝昭皇帝 諱高熾，成祖長子也。母仁孝文後。年號洪熙(1425年)獻陵
宣宗 憲天崇道英明神聖欽文昭武寬仁純孝章皇帝 諱瞻基，仁宗長子也。母誠孝昭後。年號宣德(1426年-1435年)景陵
英宗 法天立道仁明誠敬昭文憲武至德廣孝睿皇帝 諱祁鎮，宣宗長子也。母貴妃孫氏。年號正統(1436年-1449年)天順(1457年-1464年)裕陵
代宗 恭仁康定景皇帝 諱祁鈺，宣宗次子也。母賢妃吳氏。英宗即位，封郕王。年號景泰(1450年-1457年)景泰陵
憲宗 繼天凝道誠明仁敬崇文肅武宏德聖孝純皇帝 諱見深，英宗長子也。母貴妃周氏。年號成化(1465年-1487年)茂陵
孝宗 達天明道純誠中正聖文神武至仁大德敬皇帝 諱佑堂，憲宗第三子也。母淑妃紀氏，成化六年七月生帝於西宮。年號 弘治(1488年-1505年)泰陵
武宗 承天達道英肅睿哲昭德顯功弘文思孝毅皇帝 諱厚照，孝宗長子也。母孝康敬皇后。年號正德(1506年-1521年)康陵
世宗 欽天履道英毅神聖宣文廣武洪仁大孝肅皇帝 諱厚熜，憲宗孫。父興獻王佑杬，國安陸，正德十四年薨。年號嘉靖 (1522年-1566年)永陵
穆宗 契天隆道淵懿寬仁顯文光武純德弘孝莊皇帝 諱載垕，世宗第三子。母康妃杜氏。年號隆慶(1567年-1572年) 昭陵
神宗 範天合道哲肅敦簡光文章武安仁止孝顯皇帝 諱翊鈞，穆宗第三子也。母貴妃李氏。年號萬曆(1573年-1620年)定陵
光宗 崇天契道英睿恭純憲文景武淵仁懿孝貞皇帝 諱常洛，神宗長子。母恭妃王氏。年號泰昌(1620年)慶陵
熹宗 達天闡道敦孝篤友章文襄武靖穆莊勤悊皇帝 諱由校，光宗長子。母選侍王氏。年號天啟(1621年-1627年)德陵
思宗 紹天繹道剛明恪儉揆文奮武敦仁懋孝烈皇帝 諱由檢，光宗第五子。母賢妃劉氏。年號崇禎(1628年-1644年)思陵
南明諸帝(1644年-1662年)
安宗 處天承道誠敬英哲纘文備武宣仁度孝簡皇帝 諱由崧，年號 弘光(1644年) 史稱弘光帝，也稱福王
潞監國 朱常淓 1645年 潞王
魯監國 朱以海 1645年-1653年 魯王
紹宗 配天至道弘毅肅穆思文烈武敏仁廣孝襄皇帝 諱聿鍵，年號隆武(1645年-1646年) 史稱隆武帝，也稱唐王
紹武帝 朱聿【釒粵】1646年，年號紹武(1646年)，史稱紹武帝
昭宗 應天推道敏毅恭檢經文緯武禮仁克孝匡皇帝 諱由榔，年號永曆(1646年-1662年 ) 史稱永曆帝，又稱為桂王
明朝(公元1368年-1644年)，始於太祖朱元璋，終於思宗朱由檢，共16帝。
元朝末年，政治腐敗，元順帝統治時期，爆發了紅巾軍起義。朱元璋參加了紅巾軍，他南征北戰。1368年，朱元璋以應天府為京師，國號大明，年號洪武，建立了明朝。朱元璋就是明太祖。
明朝共傳十六位皇帝。明朝的領土曾囊括今日內地十八省之範圍，並曾在今東北地區、新疆東部等地設有羈縻機構。明初以應天府(今南京)為京師，明成祖朱棣在位時以順天府(今北京)為京師，應天府改為留都。
明朝初年國力強盛，北進蒙古，南征安南。明英宗幼年即位時，朝中有“三楊”楊溥、楊士奇、楊榮主持政局，‘海內清平’。至正統七年，宦官王振開始擅權；正統十四年發生土木堡之變，永樂以來的軍事優勢遭到破壞，但景泰皇帝任用於謙擊敗瓦剌，保衞了國土。弘治時期是明朝政治作為清明的時期，歷史上稱為“弘治中興”。正德、嘉靖朝始逐漸中衰，社會矛盾萌發，並面臨蒙古、倭寇兩大外患。明神宗萬曆朝初期在名相張居正的輔政之下曾一度中興。後世計當代朝廷歲收，明朝的經濟規模可稱世界第一。惟至萬曆朝中期始，皇帝怠政，官員腐化，關外女真興起，明朝開始走向衰亡。天啟年間閹黨專政加快了這一進程的發展。至崇禎年間，多處爆發民變，後金軍隊也突破長城，五入關內。公元1644年，大順軍隊攻佔北京，崇禎帝自縊，明朝滅亡。但由明朝宗室在華南建立的若干個南明政權又延續了數十年，直到清朝康熙年間(1680年代)方被清軍徹底滅絕。
明朝的經濟和文化在中國歷史上都屬於較發達的階段。明朝早期君主集權強化，皇帝大權獨攬。但是在明宣宗以後，皇權開始削弱，權力在內閣與宦官之間爭奪。從明朝開始，西方伴隨着文藝復興、地理大發現和宗教改革，在世界的地位逐漸與東方平起平坐。同時，西學也隨着一批傳教士來到中國，為東西文化的交流開闢了窗口與機會。
洪武時期
明朝建立後，朱元璋一方面減輕農民負擔，恢復社會的經濟生產，懲治貪污的官吏，收到一定的效果。朱元璋確立了裏甲制，配合賦役黃冊和魚鱗圖冊的施行，落實賦税勞役的徵收及地方治安的維持。朱元璋平定天下後，大封功臣。但是朱元璋性格多疑，也對這些功臣有所猜忌，恐其居功枉法，圖謀不軌。而有的功臣也越過禮法，為非作歹。朱元璋藉此兩興大獄，即“胡藍黨獄”，幾乎將功臣全部誅殺。
廖永忠是最先被殺害的功臣。朱元璋殺其的原因名為超越禮制，實為其當年是朱元璋謀殺小明王韓林兒的執行者(有一説法小明王死於意外，事實如何已不可考)。此後，朱元璋又借大藍玉張狂跋扈之名對其誅殺，連坐被族誅的有一萬五千餘人。加上空印、郭桓兩案，開國功臣除了湯和外幾乎全部被殺。朱元璋通過打擊功臣、特務監視和文字獄等一系列方式加強皇權，打擊貴族階層，造成了明初期思想控制的強化，為明中期以後新興思潮與舊勢力的鬥爭埋下伏筆。
靖難之役與永樂時期
朱元璋分封諸子為藩王，以加強邊防、保衞皇位。藩王之中，北方藩王勢力較強，原因主要是對蒙古的邊防任務。而其中又尤以燕王朱棣和晉王勢力最大。為防止朝中奸臣不軌，朱元璋規定藩王可移文中央捉拿奸臣，必要時得奉天子密詔，領兵“靖難”。同時為防止諸王尾大不掉，朱元璋也允許今後的皇帝在必要時可下令“削藩”。
朱元璋死後，皇太孫朱允炆繼位，是為建文帝。建文帝立刻與親信大臣齊泰、黃子澄等密謀削藩。周王、代王、齊王、湘王等先後或被廢為庶人，或被殺。同時以邊防為名調離燕王的精兵，準備削除燕王。結果燕王朱棣在姚廣孝的建議下以“清君側”的名義，打着“靖難”的旗號起兵南下，最終佔領了南京，建文帝在宮城大火中下落不明。朱棣勝利，靖難之役告終。朱棣稱帝，他就是明成祖，明成祖廢除建文年號，改年號永樂。
朱棣即位之後，武功昌盛，先是出擊安南。後又親自五入漠北攻打蒙古以絕後患。在內政上，朱棣下令編寫《永樂大典》。在三年時間內即告完成。《永樂大典》有22877卷，又凡例、目錄60卷，全書分裝為11095冊，引書達七八千種，字數約有三億七千多萬，且未有任何刪節，這是之後的四庫全書無法相提並論的。從永樂三年開始，朱棣派鄭和七下西洋，規模空前，擴大了明朝的影響力。永樂三年，朱棣將北平改名北京，稱行在，並設立北京國子監等衙門。永樂四年，他下詔在北京修建宮殿。1409年，朱棣巡幸北京，在北京設立六部與都察院，並在北京為逝世的徐皇后設立陵寢，已經顯示遷都的跡象。經過十幾年的經營，北京初步得到了繁榮。1416年，朱棣公佈遷都的想法，得到認同。永樂十五年開始大規模營造北京，永樂十八年宣告完工，永樂十九年正式遷都。
但是永樂帝同樣對異議者大肆殺戮，諸如黃子澄、齊泰等建文舊臣等都被殺。其中以方孝孺的“誅十族”和景清的“瓜蔓抄”最為慘烈。
仁宣之治
明成祖死後，太子朱高熾即位，他就是明仁宗。並且停止鄭和下西洋和對外戰爭，以積蓄民力。更鼓勵生產，寬行省獄，力行節儉。明仁宗死後，長子朱瞻基即位，他就是明宣宗。宣宗基本繼承了父親的路線，實行德政治國，國家進一步強大。同時，在這一時期打破了太祖留下的太監不得干政的規矩，一些太監開始干政，為英宗時期的太監專權埋下隱患。
土木之變與英宗復辟
1435年，9歲的明英宗繼位，寵信宦官王振。自此開始明朝的宦官嚴重專權行為。王振原為教官，後淨身入宮，服侍英宗左右。英宗即位後，對其寵信有加。在太皇太后及元老重臣“三楊”死後，王振更加專橫跋扈，更將明太祖留下的禁止宦官干政的鐵牌撤下。舉朝稱其為“翁父”。王振擅權七年，家產計有金銀六十餘庫，其受賄程度可想而知。
正統初年，蒙古瓦剌部逐漸強大，經常在明朝邊境一帶生事。瓦剌首領也先在正統十四年的七月南下攻明。王振即挾英宗領兵五十萬親征。大軍離京後，兵士乏糧勞頓。八月初大軍才至大同。王振得報前線各路潰敗，懼不敢戰，又令返回。回師至土木堡時，被瓦剌軍追上，兵士死傷過半，隨從大臣有五十餘人陣亡。英宗突圍不成被俘，王振被護衞樊忠打死，此即為土木之變。
土木之變的消息來到京師後，朝中混亂。一些大臣要求遷都南京，被兵部侍郎于謙駁斥。繼而大臣擁戴英宗弟朱祁鈺籲即位，是為代宗(景泰帝)。同時于謙積極備戰。同年十月，瓦剌軍直逼北京城下，安置英宗於德勝門外土關。瓦剌軍隊的進攻未果，大敗逃走。也先見繼續綁架英宗已無意義，乃於1450年八月釋放英宗。但之後，皇室內鬥。景帝先是不願遣使迎駕，又把英宗放在南宮(今南池子)軟禁，並廢皇太子朱見深(英宗之子，後來的憲宗)，立自己的兒子朱見濟為太子。不久之後，朱見濟病死，景帝也遲遲不恢復朱見深為太子(景帝無他子)。景泰八年正月，景泰帝病危。十六日，副度御史徐有貞率軍夜入南宮，擁戴英宗奪門(東華門)復位。又殺害於謙及大學士王文，誣陷其欲立襄王之子為帝。此為奪門之變，又號“南宮復辟”。
憲宗時期
英宗死後，兒子朱見深即位，是為憲宗。初年為于謙冤昭雪，恢復代宗帝號。又能體諒民情，勵精圖治，儼然為一代明君。琉球、哈密、暹羅、土魯番、撒馬兒罕等國紛紛入貢。但是憲宗在位末年，好方術，終日沉溺於後宮與比他大19歲的宮女萬貴妃享樂，並寵信宦官汪直、樑芳等人，以至奸佞當權，西廠橫恣，朝綱敗壞，民不聊生。憲宗還開始了皇帝直接頒詔令封官的制度，是為傳奉官。結果傳奉官氾濫，舞弊成風。直到孝宗時期這些官員才全被裁撤。宦官汪直受到憲宗的寵信，張狂跋扈，透過西廠大肆冤殺普通民眾與官員。不久後由於民憤四起，西廠被罷，但汪直依然握有大權。成化十八年，汪直才因言官彈劾而被貶。
弘治中興
憲宗死後，孝宗朱佑樘(chēng)即位。由於孝宗自幼生於微寒，所以孝宗在位期間“更新庶政，言路大開”，使英宗朝以來奸佞當道的局面得以改觀，被譽為“中興之令主”孝宗的勵精圖治，使得當時明朝政治清明經濟繁榮百姓富裕天下小康，被稱為弘治中興。雖末年寵信宦官李廣，但是立刻改過自新，歷代史學家對他評價極高。
孝宗在位期間，先是將憲宗期間留下的一批奸佞宂官盡數罷去，逮捕治罪。並選賢舉能，將能臣委以重任。孝宗勤於政事，每日兩次視朝。孝宗對宦官嚴加節制，特務部門也只能謹慎行事，用刑寬鬆。孝宗力行節儉，不大興土木，減免税賦。並餞行一夫一妻制，一生除了張皇后外沒有任何妃嬪。在他的治理下，弘治一朝成為明朝中期以來的形勢，明史也稱孝宗“恭儉有制，勤政愛民”。
武宗亂政
弘治十八年五月，孝宗病死。十五歲的太子朱厚照即位，是為武宗，以次年為正德元年。武宗本性貪圖享樂，整日與內臣沉湎於聲色犬馬之中。劉瑾、馬永成、谷大用、魏彬、張永、丘聚、高鳳、羅祥等八位過去的東宮宦官相互勾結，是為“八虎”。八虎想盡辦法奉迎阿上，導引皇帝逸樂，殘害忠良，朝政為其所害。八虎之中的劉瑾獨攬大權，將自己的黨羽延攬入閣，還想方設法滿足武宗的玩樂需求，建造豹房供其淫亂。但是劉瑾的專權也引發了朝中大臣一其它“七虎”的不滿。最終劉瑾被判凌遲3357刀處死。但是，武宗依然不思朝政，又開始信用佞臣江彬。
武宗的荒遊逸樂導致正德年間變亂頻生，先後發生陝西安化王朱寘鐇謀反、山東劉六、劉七民變、江西寧王朱宸濠謀反等重大事件。正德十五年，武宗在征討朱宸濠班師回京途中，於南直隸清江浦(江蘇淮安)泛舟取樂時落水染病。正德十六年三月武宗去世。不久之後江彬就被抄家處死。
嘉靖隆慶二朝
武宗無子嗣無兄弟。死後由孝宗弟興獻王長子朱厚熜即位，是為世宗。世宗在位期間，罷黜各地鎮守太監。但是大禮儀事件嚴重損害了朝政：世宗要求尊父為興獻皇帝，母為興獻皇后。但內閣首輔楊延和、禮部尚書毛澄等堅持以為不可。但是也有一些大臣紛紛迎合帝意。世宗在這些人的助長下蔑視禮法，不僅尊其父母為皇帝和皇太后，又為父親在太廟旁專立一廟祭祀，成為獻皇帝廟。又稱父親為睿宗，在武宗之上，還為父親修皇帝實錄。此為大禮儀事件。大禮儀引起軒然大波，朝臣中反對者均受打擊，或被罷官，或被入獄。受杖者一百八十餘人，杖死者十七人。同時，世宗奉道教，信用方士，在宮中日夜祈禱。先是將道士邵元節入京，封為真人及禮部尚書。邵死後又大寵方士陶仲文。自嘉靖十三年後世宗即不視朝。
嘉靖去世後，唯一存活的皇子朱載垕即位，是為穆宗，號隆慶。穆宗本人無能，但他任用能臣如高拱、徐階、張居正等，內政形勢總體較佳。也為萬曆初年的中興奠定基礎。嘉靖一朝，國家外患不斷。北面韃靼部趁明朝衰弱而佔據河套。1550年，韃靼首領俺答進犯大同，大同總兵重金收買俺答，結果俺答直接進攻京師。韃靼軍隊在北京城郊大肆搶掠之後西去，明朝軍隊在追擊過程中大敗，此為庚戌之變。但之後，明朝與蒙古通好，俺答被封為順義王。在南部海疆， 倭寇橫行，直到戚繼光、胡宗憲、俞大猷力剿後才有改觀。
郭桓案，是明初四大案之一，發生在明朝洪武十八年（1385年），屬於官吏貪污案件。為了追贓又牽連到全國各地的小富百姓，遭到抄家破產的不計其數，百姓對此怨恨極深，朱元璋為了平息民怨又將審刑官吳庸等人處死。
元朝末年的官僚機構極為腐朽，官吏貪腐成性，以至於明太祖在建國後十分注意政風甚至達到矯枉過正的地步。他一方面提倡廉潔，要求各級官吏遵紀守法，廉政愛民。另一方面對於官吏犯法特下重典，以嚇阻官吏貪污腐敗。如果有官員觸犯貪污罪，則施以剝皮之刑。郭桓案爆發前，空印案、胡惟庸案先後發生，明太祖為了解決官員貪污，逐漸採取法外施刑的方式，而且也越來越重，並且設立錦衣衞以加強監控官員。他曾經感歎説：“朕才疏德薄，控御之道竭矣！”。
1385年明太祖懷疑擔任北平承宣布政使司李彧與提刑按察使司趙全德偕同户部侍郎郭桓等人共同舞弊，下令調查。同年三月，御史餘敏、丁廷舉告發郭桓利用職權，勾結李彧、趙全德、胡益、王道亨等貪污，其事項有：
一、私吞太平、鎮江等府的賦税，降低朝廷歲收。
二、私吞浙西的秋糧，浙西秋糧本應該上繳四百五十萬石，郭桓只上繳兩百多萬石。
三、徵收賦税時，巧立名目，徵收多種水腳錢、口食錢、庫子錢、神佛錢等的賦税，中飽私囊。
郭桓等人總共貪污兩千四百多萬石糧食。為此，明太祖決心趁機掃蕩全國貪污官員。
明太祖令審刑司吳庸拷訊，此案牽連全國的十二個布政司，牽涉禮部尚書趙瑁、刑部尚書王惠迪、兵部侍郎王志、工部侍郎麥至德等。總計一共損失精糧兩千四百萬擔，“自六部左、右侍郎以下，贓七百萬，詞連直、省諸官吏，系死者數萬人”，為了追贓糧，演變成全國騷動，民間富人莫不因此破產，史稱“郭桓案”。最後，明太祖為了平息民怨，將審刑司吳庸殺了，並稱折算贓糧實有兩千石百多萬石，“恐民不信，但略寫七百萬耳”。
《明史·刑法二》記載郭桓案的起因時，曰：郭桓者，户部侍郎也。帝疑北平二司官吏李彧、趙全德等與桓為奸利，自六部左右侍郎下皆死，贓七百萬，詞連直省諸官吏，系死者數萬人。明太祖在《大誥》感歎説：“古往今來，貪贓枉法大有人在，但是搞得這麼過分的，實在是不多！”郭桓案與之前的空印案坐死數萬人，這是明太祖過度重典肅貪的表現，讓明朝官員警戒恐懼，時人謂：“郡縣之官雖居窮山絕塞之地，去京師萬餘里外，皆悚心震膽，如神明臨其庭，不敢少肆。”郭桓案因打擊面過寬，使不少官員蒙受不白之冤，從而使肅政目標大打折扣。
藍玉案發生在洪武二十六年（1393年），是明太祖朱元璋藉口涼國公藍玉謀反，株連殺戮功臣宿將的重大政治案件。朱元璋借藍玉案徹底剷除了將權對君權的潛在威脅，將軍權牢牢地控制在自己手中。
藍玉是安徽定遠人，開平王常遇春的妻弟。當初隸屬於常遇春的帳下，對敵作戰勇敢，是個常勝將軍。常遇春多次在朱元璋面前稱讚他。
藍玉不僅身材高大，滿面紅光，富於勇氣和謀略，有大將的才華。中山王徐達、開平王常遇春死後，藍玉屢次統帥大軍作戰，多次立功。太祖待他十分優厚。
藍玉漸漸地驕傲自滿，畜養了很多莊奴，這些人都仗着藍玉的威勢暴虐兇橫。藍玉曾經搶佔了東昌的民田，御史查究追問此事，藍玉大怒，趕走了御史。
藍玉北征元軍回來時，半夜敲擊喜峯關關門，關吏沒有及時開門接納，藍玉縱容士兵打破關門長驅直入。太祖聽説這件事很不高興。
先前，太祖想封藍玉為樑國公，因他犯錯改封涼地，還把他的過錯刻在鐵券上。藍玉仍然不知悔改，在侍奉皇上的宴會上出語傲慢。
藍玉在軍中擅自罷免和提拔軍官，獨斷專行，皇帝多次責備他。他西征回朝，太祖讓他做太子太傅。藍玉對位居宋、潁兩公之下感到不高興，説：“難道我不能勝任太師一職嗎？”等到他入朝上奏。太祖往往不聽他的，他更加不高興。
洪武二十六年，錦衣衞指揮蔣瓛告發藍玉謀反，下獄鞫訊後，獄詞稱同景川侯曹震、鶴壽侯張翼、舳艫侯朱壽、定遠侯王弼、東筦伯何榮及吏部尚書詹徽、户部侍郎傅友文等謀反，擬乘朱元璋藉田時發動叛亂。朱元璋遂族誅藍玉等，並株連蔓引，自公侯伯以至文武官員，被殺者約兩萬人。朱元璋還手詔佈告天下，並條例爰書為《逆臣錄》。列名《逆臣錄》者，有一公、十三侯、二伯。
藍玉一案，族誅一公、十三侯、二伯，牽連被殺一萬五千多人，“元功宿將，相繼盡矣。”謀逆之罪一般都是碎剮凌遲處死，念及藍玉與自己是兒女親家，朱元璋心一軟，寬大處理：碎剮改成剝皮。這樣，劊子手把藍大將軍全須全尾整張人皮剝下來，算是留了全屍，並把人皮送往他女兒蜀王妃處“留念”。明末農民軍攻破蜀王府，在王府祭堂發現了這件“文物”。
空印案是發生在洪武十五年(1382年)，因空白蓋印公務文書而引發的案件。此案在當時受到朱元璋相當程度的重視，並因此誅殺數百名相關官員。實為一個冤案，然而其影響之廣，範圍之大，實屬罕見。
明朝時每年地方都需派人至户部報告財政收支賬目，所有賬目必須和户部審核後完全相符方能結算。若其中有任何一項不符就必須駁回重新造冊，且須再蓋上原地方機關大印才算完成。因當時交通並不發達，往來路途遙遠，如果需要發回重造勢必耽誤相當多的時間，所以前往户部審核的官員都備有事先蓋過印信的空白書冊以備使用。這原本是從元朝既有的習慣性做法(“元時，官府府於文有先署印，而後書者，謂之“空印”，洪武建元以來，相沿未改。《中外歷史年表》)，也從未被明令禁止過，《劍橋中國明代史》解釋，錢糧在運輸過程中會有損耗，所以從運送一直到户部接收時的數字一定不會相符，在路上到底損耗了多少，官員們無法事先預知，只有到了户部將要申報之時才能知道其中的差額，所以派京官員都習慣用空印文書在京城才填寫實際的數目。明太祖朱元璋獲知此事後大為震怒，認為這是官員相互勾結的欺君重罪，因而下令處罰所有相關官員。
明初規定，每年各布政使司、府、州、縣均需派遣計吏至户部，呈報地方財政的收支賬目及所有錢穀之數，府與布政使司、布政使司與户部的數字必須完全相符，稍有差錯，即被駁回重造賬冊，並須加蓋原衙門官印。各布政使司計吏因離户部道遠，為免往返奔走，便預持蓋有官印的空白賬冊，遇有部駁，隨時填用。該空白賬冊蓋有騎縫印，不做他用，户部對此從不干預。洪武八年(1375)考校錢穀書冊，明太祖得知空印之事後大怒，下令嚴辦。致自户部尚書至各地守令主印者皆處死，佐貳以下杖一百，充軍邊地。
空印案與郭桓案中遭牽連誅殺數字可能是根據《明史？刑法志》而來。《刑法志》中提到郭桓案“系死者數萬人”，又提到“二獄(空印案與郭桓案)所誅殺已過當”。空印案跟郭桓案等三案所誅殺也在四萬。方孝孺在《葉鄭傳》提到，空印案發生時，“凡主印吏及署字有名者皆逮繫御史獄。獄凡數百人。士利兄亦以河南時空印繫獄中”。士利兄即為鄭士原，曾任河南懷慶府同知，此時任湖廣按察司僉事。鄭士原可能就是“行省言臣二十餘輩”的其中一個。鄭士利在案發之初就想上疏，但為了避免受人懷疑是為救其兄，所以一直等到鄭士原出獄之後才敢上疏，就是為了替留在獄中的死囚申辯。在《葉鄭傳》文末提到鄭士利失敗，朱元璋還是“竟殺空印者”。 鄭士原任官湖廣，卻因從前任河南任內之事入獄，説明朱元璋是按照空印文書上的署名逮捕官員。所以被逮捕的人數其實也不過數百人之譜。全文末也未提到在這數百人之後又進行了逮捕行動。且在這數百人中還有部份是被充軍而非處死。所以被殺的人也就不會超過數百人。而一般所稱的數萬人很可能是依照其他幾個大案推測而來的。 明朝之初整個官員階層的人數並不多，而經手空白蓋印文書也只有其中一小部分，如果按照數萬人來推算，官員人數應該會嚴重不足，造成政務運轉以及地方管理上的困難，這也不可能會是朱元璋所樂見的。
張居正變法
隆慶六年，明穆宗突然中風駕崩，子朱翊鈞繼位，是為神宗，元萬曆。由於神宗年幼，於是由太后攝政。重臣高拱由於與太后信任的宦官馮保對抗而被罷官，相反張居正得到馮保的鼎力支持。
張居正輔政十年，推行改革，在內政方面，提出了“尊主權，課吏職，行賞罰，一號令”，推行考成法，裁撤政府機構中的宂官宂員，整頓郵傳和銓政。經濟上，清丈全國土地，抑制豪強地主，改革賦役制度，推行一條鞭法，減輕農民負擔。洪武廿六年，全國耕種田地有八百五十萬零七千六百卅二頃。到了弘治十五年降低到四百廿二萬八千零五十八頃。而萬曆九年經過張居正的治理後達到七百零一萬三千九百七十六頃。軍事上，加強武備整頓，平定西南騷亂，重用抗倭名將戚繼光薊、昌、保三鎮練兵，使邊境安然。張居正還啟用潘季馴治理黃河，變水患為水利。同時張居正嚴懲貪官污吏，裁汰宂員。
萬曆初年呈現出明代中葉以來形勢。 張居正逝世之後，中興之象消失，明朝從此走上了衰敗之路。
萬曆怠政
張居正死後初期，神宗尚能保持對朝政的興趣，但不久就開始怠政。萬曆十四年後，神宗就開始連續不上朝。萬曆十七年元旦後，神宗以日食為由免去元旦朝賀。此後每年的元旦神宗再也不視朝。自萬曆十六年後，常朝也經常看不到神宗。神宗整日在深宮中不理政事，沉浸在花天酒地之中。每年還進行選美。同時，神宗還好營建，經常大興土木。在他廿一歲時就開始籌建陵園。萬曆十七年，大理寺左評事雒於仁上疏，稱神宗沉湎於酒、色、財、氣。結果被貶為民。神宗還派礦監和税監搜刮民間財產。在邊境上坐視女真強大。由於神宗不理朝政，缺官現象非常嚴重。萬曆卅年(1602年)，南北兩京共缺尚書三名，侍郎十名；各地缺巡撫三名，布政使、按察使等六十六名，知府廿五名。神宗委頓於上，百官黨爭於下，政府完全陷入空轉之中。官僚隊伍中黨派林立，互相傾軋，如東林黨、宣黨、昆黨、齊黨、浙黨等名目眾多，但其所議議題卻不是如何改良朝政，只是人事佈局而已。因此明史言：“論者謂：明之亡，實亡於神宗。”
神宗在位期間另外兩項嚴重敗壞朝綱的事件是東林黨爭和國本之爭。東林黨源於顧憲成組辦的東林書院。東林黨一詞則起源於萬曆卅八年的一次人事變動事件。起因是內閣缺人，顧憲成極力主張頗有政績的淮揚巡撫李三才入閣，結果被反對李三才入閣的勢力摸黑漫罵，東林黨因此而起。東林黨興起後，朝中其它各黨便集中火力攻擊東林黨。閹黨專權後，東林黨更受到嚴重打擊。直到崇禎初年東林黨才重新被啟用。
另外一項政爭是國本之爭。主要是圍繞着皇長子朱常洛與鄭貴妃所生的福王朱常洵。神宗遲遲不立太子，令羣臣憂心如焚。朝中上下也因此分成兩個派別。直到萬曆廿九年，朱常洛才被封為太子，朱常洵被封為福王。但是福王遲遲不離京就任藩王。直到梃擊案發生，輿論對鄭貴妃不利後，福王才離京就藩。
在對外軍事方面，包括在萬曆二十年援助李氏朝鮮抵抗日本侵略的壬辰倭亂在內的萬曆三大徵雖然都取得了勝利，但損兵折將極大。萬曆四十六年，後金努爾哈赤以“七大恨”反明，次年在薩爾滸之戰中大敗明軍，明朝對女真從此轉為戰略防禦。
明末三大案
“明末三大案”指明朝末期宮廷中發生的梃擊案、紅丸案、移宮案的總稱。這三起事件本身並不是很重要，但是卻標誌着明末紛亂和衰亡的開始，故有“三大案”之稱。
『梃擊案』
梃擊案發生於萬曆四十三年五月初四。一位名叫張差的男子手持木棍闖入皇太子居住的慈慶宮並打傷守門宦官李鑑，後被捕。後經審問，顯示鄭貴妃與此案有關。由於當時審案人員都是浙江籍人士，而當時的浙黨領袖方從哲與鄭貴妃關係良好，因此頗受人質疑。結果當時的陝西籍刑部主事祕密審訊了張差，結果招出鄭貴妃與此確有關係。鄭貴妃見東窗事發，哀求皇太子。皇太子也請求皇帝快速了結，加之神宗寵信鄭貴妃，除了張差被處決外，此案不了了之，一些主張繼續追查的官員事後都受了輕重不等的處分。
『紅丸案 』
光宗在還是太子之時，就寵愛兩名李氏選侍，分別為“東李”和“西李”。其中西李最為得寵。鄭貴妃與西李暗中交結，鄭貴妃向光宗提請西李為皇后，西李提請鄭貴妃為皇太后，後因大臣反對而作罷。光宗因過度縱慾，即位五天後就得了腹瀉之疾。光宗服用了一位與鄭貴妃關係密切的太監崔文升所進的藥物，結果病情加劇。西李以侍奉為由入住光宗寢殿。八月廿九日，鴻臚寺丞李可灼獻上一顆紅丸，光宗服後獲得暫時的舒適。黃昏後再食一顆，到半夜去世。此即為紅丸案。結果，朝中謠言遍起。李可灼被罰回鄉養病。更有大量彈劾奏章要求罷免方從哲。天啟二年四月，朝中又發生了對於紅丸案的爭論。最後方從哲仍然沒有判罪，而崔文升被貶放南京。
『移宮案』
光宗去世後，西李據守乾清宮，與心腹太監魏忠賢要挾皇太子。李氏還要求官員要先將奏章給她看，再給朱由校看，導致強烈反彈。羣臣也因此聯合要求西李移宮。在羣臣催促下，西李不得不移出乾清宮。結果四年後，熹宗又封西李為康妃，次年更頒佈《三朝要典》，顛倒三大案的黑白。
閹黨專權
熹宗在位期間，政治更加腐敗黑暗。熹宗由於幼年喪母，對乳母客氏有特殊感情，客氏也不知自己，與宦官魏忠賢狼狽為奸。魏忠賢因為在一次賭博中輸錢而自宮，改名為李進忠，入宮為宦官。后皇帝賜他恢復原姓，並恢復舊名忠賢。魏忠賢善於逢迎拍馬，加上與客氏互相勾結，一路快速升遷，還成為秉筆太監。
熹宗即位早期大量啟用東林黨人，結果導致東林黨與其它黨鬥爭不斷，熹宗因此對朝政失去耐心，魏忠賢藉此機會干預政治，將反對東林黨的勢力集結，號為閹黨。天啟四年後，閹黨控制了內閣。自此之後魏忠賢更加張狂，其爪牙遍佈中央與地方。在其權勢最盛時，其養子竟能代替皇帝祭太廟。全國遍佈他的生祠，並號為九千歲。更有國子監生提出魏忠賢配孔子，魏忠賢父配啟聖公。魏忠賢並大肆打擊東林黨，大量東林黨人入獄，甚至處死。由於閹黨水準低下，政理不修。國家內部饑荒頻傳，民變不斷，外患持續，明朝已經陷入風雨飄搖之境地。
明朝滅亡
天啟六年，熹宗在西苑遊玩時不慎落水，一年後死去。接替熹宗的是信王朱由檢，是為思宗，年號崇禎。他即位後，鋭意改革朝政。他首先下令停建生祠，又逼客氏移居宮外。時機成熟後，思宗下令魏忠賢去鳳陽守陵。魏忠賢在前去過程中得知被思宗已派錦衣衞來逮捕他，便與黨羽李朝欽一起自縊。思宗將其首級懸於河間老家。同時將客氏押到浣衣局處死。閹黨其它分子也被貶黜或處死。閹黨專權雖然結束，但其後朝中又黨爭不斷，崇禎帝對朝政又開始失望。並加強集權，控制百官，信用宦官。
思宗在位期間，首先要面臨女真的外患。本來在袁崇煥的經略之下，遼東的形勢已經有所改觀。但是，後金在遼東戰場失利的情況下，改採越過長城，直接偷襲北京的方法攻明。幸在袁崇煥的保衞下北京得以平安。但是到崇禎三年，思宗誤中後金反間計，誅殺袁崇煥，自壞長城，從此在與後金的作戰中只能被動挨打。1640年清軍攻打錦州，思宗派洪承疇帶八路總兵率十三萬大軍出關援錦州，在松山大戰清軍，是為“鬆錦大戰”。結果明軍大敗，洪承疇投降。關外遼東地區至此基本全數淪陷。
另一方面，由於旱蝗連年加上官府剝削，大量川陝地區流民、饑民爆發民變。這些農民採取遊擊及分頭進攻之戰術，嚴重拖累明朝兵力。1636年，原先的農民軍領袖高迎祥戰死，李自成便接替高迎祥成為新闖王。1641年，李自成攻陷洛陽，殺死福王朱常洵，農民軍也得到了大批糧餉。1643年十月年李自成攻破潼關，十一月佔領西安。此外，另一支張獻忠領導的農民軍主要在南方發展，先是控制了湖廣地區，之後又改進攻四川，是為大西政權。但是，兩支農民軍沒有合作，而是競爭的關係。1644年李自成在西安宣佈建國，國號大順，年號永昌。崇禎十七年三月，農民軍攻陷大同、宣府、居庸關，十七日已兵臨北京城下。十八日，農民軍攻克北京外城。次日凌晨，崇禎帝在北京煤山自縊，明朝滅亡。李自成攻克北京後，沒有及時對在山海關的明將吳三桂採取招撫措施，結果吳三桂引清兵入關。四月廿一日，李自成親率部隊與吳三桂在山海關外的一片石大戰，但由於清軍參戰，李自成大敗。四月廿九日，李自成在武英殿匆匆即皇帝位，深夜便焚燒宮殿與九門城樓，向西撤退。農民軍僅在北京駐紮四十一日。之後，農民軍接連內訌，戰鬥力大損，與清軍交戰時也連連失敗。五月八年級，清攝政王多爾袞進京。為安撫漢人籠絡民心，多爾袞下令禮葬崇禎，臣民服喪三日。八日，順治進北京。北京開始成為清朝的都城。
元朝末年，朝政腐敗，災害頻繁。國庫也日漸空虛。為了彌補財政虧空，元政府除了加重賦税以外，還發行新鈔“至正寶鈔”並大量印製，致使嚴重的通貨膨脹，導致民不聊生。至正十一年(1351年)，元順帝徵調農民和兵士十幾萬人治理黃河水患。黃河兩岸農民本已飽受災荒之苦，在治河工地上又橫遭監工的鞭打，被苛扣口糧，非常憤怒。於是，“治河”和“變鈔”就成為民變的導火線，導致紅巾軍起義的爆發。
至正十一年(1351年)5月，紅巾軍起義爆發。次年，郭子興聚眾起義，攻佔濠州(今安徽鳳陽)。不久，貧苦農民出身的安徽鳳陽人朱元璋投奔郭子興，屢立戰功，得到郭子興的器重和信任，並娶郭子興養女為妻。之後，朱元璋離開濠州，發展自己的勢力。至正十六年(1356年)，朱元璋率兵佔領集慶(今江蘇南京)，改名為應天府，並攻下週圍一些軍事要地，獲得了一塊立足的基地。此時的朱元璋“地狹糧少”“孤軍獨守”，遠不及其他起義軍勢力，處境十分艱難。朱元璋採納了謀士朱升“高築牆，廣積糧，緩稱王”的建議，經過幾年努力，朱元璋軍事和經濟實力迅速壯大。1360年，通過鄱陽湖水戰，陳友諒勢力遭到巨大打擊。1363年，陳友諒勢力被完全消滅，1367年，朱元璋攻下平江(今蘇州)，張士誠自盡。之後朱元璋又消滅割據浙江沿海的方國珍。1368年正月，朱元璋在應天稱帝，建立了明朝。之後趁蒙元內鬥之際進行北伐和西征，同年攻佔大都(今北京)，元朝撤出中原。之後朱元璋繼續消滅位於四川的明玉珍勢力和據守雲南的元朝樑王。又深入沙漠，進攻北元。天下至此初定。
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