1853年6月3日，4艘黑色的大船闖進了日本幕府的咽喉要地一一江户灣的浦賀港。就像在平靜的湖水中投進了一塊石子，這四艘大船的到來，在閉關鎖國200餘年的日本，激起了軒然大波。有100多萬人口的江户城中敲起了警鐘，全城陷入混亂，許多人開始向鄉下逃亡。當天午夜，在300英里外的京都，孝明天皇也從信鴿傳來的情報中，得到了黑船到來的消息。
這4艘黑色大船，是美國東印度艦隊司令培裏率領的一支艦隊，它的使命就是要敲開日本的大門。6月9日，在13響號炮聲中，培裏率軍樂隊及水兵300人登陸，向日本當局遞交了美國總統米勒爾·菲爾莫爾致日本國皇帝的國書。國書中説：“我們從加利福尼亞啟航的汽船18天就可以到達日本……如果陛下能一改古時的法律而准許兩國自由通商，則將對雙方都極有好處……有時遇上颶風天氣，我們的船隻會在貴國海岸遇難，在發生各種這類事故時，我們要求並期望貴國，給予我國不幸遇險的人民以仁厚的待遇，同時保護他們的財物，直到我們派船接走他們為止……我們知道，貴國有極豐富的煤和糧食，希望我們的汽船以及其他船隻能獲准在日本停泊，以便補給煤、食品和水，他們當按價付錢或貴國人民所指定的物品來抵償。對此，我們不勝企望。”國書是寫在上等牛皮紙上的，打上了美國國璽的燙金大印，用精緻的梨木盒裝着。為了迫使日本政府低頭服從，培裏又以私人名義寫信，連同一面白旗一起送交日本當局，聲稱如果不答應美國的要求，美國就要興師問罪，那時美國一定勝利，日本政府可以打着這面白旗求和……可是，日本當局僅僅接受了這封國書，並表示在請示皇上之前，不能給他們任何答覆。因為美國艦隊所帶的糧食和淡水不多，並急着趕往中國執行其他任務，所以在約定第二年來聽答覆之後，培裏便率艦隊匆匆離去了。
當時的日本，仍然是幕府掌握國家大權的時代，執政的德川幕府已經維持了200多年。第121代孝明天皇，只是一個傀儡，政治上無權，經濟上無錢，天皇登基時沒有錢舉行儀式，天皇死了後沒有錢舉行葬禮。活着的天皇也很無聊，按照幕府的規定，天皇只能做“與天皇身份相稱的事情”，也就是讀讀書籍，寫寫詩歌，其他一切都無權參與，國家大事完全不許天皇過問，天皇改變年號要經幕府批准，甚至連天皇出巡都要得到幕府允許。一般老百姓就更不能對國家大事發表意見了。
但是這一次，面對着美國的堅船利炮，外強中於的德川幕府亂了手腳。就在這個關鍵時刻，第12代德川幕府將軍在江户病逝。緊接着，4艘俄國軍艦又駛入了長崎港……接二連三的打擊，迫使幕府不得不一邊向天皇彙報請示，一邊下令全國諸侯、官吏以至平民百姓，都可以為這件事向朝廷獻計獻策。
由於天皇長期被排斥在國家權力機構之外，加上德川幕府的閉關鎖國政策，使得天皇和朝廷大臣對世界形勢的發展變化知道得極少，對於西方列強在東方的侵略擴張十分恐慌。22歲的孝明天皇接連17天向天神祈禱，希望神明保佑，排斥外夷，天下太平。但對美國總統同書中的要求。儘管有不少人主張與外國人通商，天皇和朝廷大多數大臣都主張強硬拒絕。
8個月以後，培裏果然帶着更大的艦隊又來到了日本。在美國艦隊的強大軍事壓力下，幕府被迫同意簽訂了《日美和好條約》。孝明天皇對此很不滿意，在批評幕府決定的同時，還發布命令，把各個寺廟中的銅鐘都熔化了用來鑄造大炮，以加強海防守備力量。從這時開始，孝明天皇打破了德川幕府獨裁的一統天下，天皇的社會地位逐漸得到提高，又重新在政治舞台上發揮作用了。
日本的大門輕而易舉地被西方列強敲開，幕府的虛弱也就暴露出來了。幕府將軍的正式名稱是“徵夷大將軍”，如今真的有外夷打進來了，“徵夷大將軍”卻完全無能為力！於是一些強大的諸侯，趁機要求廢除幕府獨裁，讓他們這些諸侯也參加執政。還有不少有影響的思想家和文化人也都紛紛批判幕府的無能，積極主張進行改革。
1856年，美國駐日本總領事哈利斯到日本後，就開始脅迫德川幕府與美國簽訂通商航海條約。德川幕府經不起哈利斯的威逼利誘，沒有經過天皇批准就簽訂了條約，然後才把情況報告天皇。孝明天皇得知這一消息後，非常生氣，甚至以要退位來表示自己的抗議，並公開向一些諸侯表示自己對幕府的意見。許多諸侯和下級武士也紛紛反對幕府的這種做法，甚至準備暗殺幕
府的大臣。他們打出的旗號，是尊王與排外。排外的思想，最初本是德川幕府實行閉關鎖國、維護幕府統治的理論，但是這時，卻成了反對幕府的口號。因為德川幕府在西方列強的侵略面前，採取了無能為力的屈辱投降立場。改革派實際上是藉助天皇的名份，要求抵禦西方侵略，維護國家的獨立。但這種主張遭到了幕府的鎮壓，當時出任幕府的首席大臣是並伊直粥，他下令逮捕和處分了100多人，其中有諸侯，有貴族，有朝廷大臣，有下層武士，當時的改革派先進人物幾乎都被判處了死刑。因為這些事發生在安政年間，所以歷史上稱為“安政大獄”。
民間的反幕府志士們，並沒有被井伊直弼的高壓手段所嚇倒，他們進行了強烈的反抗。而孝明天皇也不能容忍井伊直弼對他的藐視。京都皇宮中孝明天皇居住的地方，成了尊王派的地下司令部，孝明天皇的妃子中山慶子親自準備米酒和蠟燭，用來招待尊王派的諸侯和武士。中山慶子雖然出身在貴族家庭中，但是她們一家曾多次遭受德川幕府的打擊，所以她積極支持孝明天皇與德川幕府堅決鬥爭。終於，孝明天皇下定了決心，讓忠於他的武土們暗殺井伊直弼。
1860年3月3日，水户和薩摩地方的18名下層武士，趁着漫天大雪，埋伏在江户城櫻田門外，等井伊直弼坐着轎子經過這裏時，突然衝殺出來。井伊直弼的警衞人員雖然有60多名，但因為穿戴着笨重的雨衣和斗笠，行動不便，竟沒有能擋住武士們的勇猛進攻。並伊直弼在轎子裏被刺傷，接着又被拖出轎子，砍下了腦袋。井伊直弼的腦袋最後送到了孝明天皇手中，孝明天皇下令將它掛在一個刑場上示眾，一直掛了好幾個星期，旁邊的告示上寫着，“這就是賣國賊的首級，他違犯了日本‘嚴禁招引洋人入國，的最神聖的法律。”幕府的首席大臣被人殺掉，在日本是史無前例的。這次事件在日本歷史上被稱為“櫻田門外事變”。從此以後，主張尊王排外的下層武士成了日本政治舞台上的主角。
但是，日本的改革運動不但沒有結束，而且在這次血與火的洗禮中得到了提高。1865年1月，以高杉晉作為首的“倒幕派”走上了歷史舞台，他們認識到，天皇和諸侯都是靠不住的，盲目排外也是行不通的，日本改革的第一步，首先就是要打倒幕府。他們在馬關發動了起義，經過3個月的艱苦奮戰，重新奪回了長州的控制權。從此，日本國內的政治局面發生了根本性的變化。
高杉晉作在長州首先實行政治改革，並起用精通西方軍事的將領進行軍事改革，同時執行打開國門求進取的政策，致力於長州新政權的富國強兵。這時，他們也沒有放棄爭取孝明天皇的支持，向孝明天皇上書，要求罷免幕府派的大臣，為“八一八政變”中遭到不公正處罰的改革派大臣恢復名譽，讓他們重新擔任政府的領導職務。但是，儘管德川幕府的統治已經搖搖欲墜，孝明天皇還是盲目地堅持維護幕府，拒絕了改革派的所有要求。1866年6用，德川幕府發動了第2次討伐長州的戰爭，但是這時，日本國內爆發了全國範圍的大**，城市居民和農民都起來造反，搗毀官衙和監獄，襲擊糧店和富商，使德川幕府的政治經濟中心江户和大阪都陷於混亂，給幕府統治沉重的打擊。而幕府大軍遇到了裝備先進、士氣高昂的長州軍隊的英勇反擊，一敗塗地。7月20日，第14代將軍德川慶福病死，戰爭很快就以幕府軍的徹底失敗宣告結束。
在這一場關係到日本民族生死存亡的大動盪中，孝明天皇左右搖擺不定，因為固守幾百年來幕府執政的形式不知道變革，他終於從改革派的一面旗幟，走到了自己的反面，變成了阻礙改革發展的絆腳石。
1866年12月，年僅36歲的孝明天皇因患天花突然死去。德川幕府失去了最後一個有力的支柱，很快土崩瓦解。日本歷史上具有偉大意義的明治維新也就來到了。
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