巧用鍊金術
嘉靖皇帝迷信仙道，祈求長生不老。方士看準了皇帝的心意，便大煉不死仙丹，取悦皇帝，因而在全國掀起了一股煉丹熱潮，但不少人因服用仙丹後中毒死亡。
李時珍知道仙丹多用水銀、鉛、丹砂、硫磺、錫等煉取，含有毒素，於是疾呼：“丹藥能長壽的説法，決不可信。”並列舉服食丹藥後死亡的例子，但有方士反駁説：“古代藥書上説，水銀無毒，服食可以成仙，是一種長生藥。”李時珍認為前人遺留下來的知識可以參考，但一定要經過分析，不能盡信書上所説的。
李時珍雖然堅決反對服食仙丹，卻以科學的態度應用煉丹的方法。他親自研製水銀來醫治瘡疥等病，又利用鍊金術燒製外用藥物，他還把研究的數據記載在《本草綱目》裏。
唾液治蛇傷
一次李時珍挖藥回來，路過一個茶館，就進去歇一歇腳。
當時天氣炎熱，茶館裏幾個人打着赤膊抹紙牌，有一個人靠壁坐着，每次用手指在嘴脣上舔一下沾點唾沫再起牌，他忽然感到背後發癢，就和沾着唾沫的手指去抓癢。一連幾次都是這樣，這個人覺得很怪，打完了牌回頭一看，壁上有個窟窿，裏面有條蛇，蛇頭朝外，已經半死不活了。這是什麼原因呢？
李時珍把這條蛇翻過來倒過去地看了看，又看了看那個抹牌人的後背，心裏就清楚了。原來打牌的人背上發癢是蛇的舌箭在舔，打牌人不斷地用沾着唾沫的手指來抓癢，人的唾沫帶到蛇的嘴裏，蛇就快要僵死了。此後，把藥草放在嘴裏嚼嚼再敷在蛇咬的地方的治療方法就流傳了下來。
巧辨藥性真偽
李時珍20歲那年，蘄州發生了一場嚴重的水災。洪水剛過，瘟疫開始蔓延。
這天，李時珍正在診病，突然一幫人鬧鬧嚷嚷地拉着一個江湖郎中湧進診所。為首的年輕人憤憤地告訴李時珍，他爹吃了這江湖郎中開的藥，病沒見好，反倒重了。他去找他算賬，郎中硬説藥方沒錯。讓李時珍給看看。説完把煎藥的藥罐遞了過來，李時珍抓起藥渣，仔細聞過，又放在嘴裏嚼嚼，告訴他這是古醫書上的錯誤，《日華本草》的記載把漏藍子和虎掌混為一談。眾人慨歎了一陣，只得把江湖郎中給放了。
不久，又有一位醫生為一名精神病人開藥，用了一味叫防葵的藥，病人服藥後很快就死了。還有一個身體虛弱的人，吃了醫生開的一味叫黃精的補藥，也莫名其妙地送了性命。原來，幾種古藥書上，都把防葵和狼毒、黃精和鈎吻説成是同一藥物，而狼毒、鈎吻毒性都很大。毫無疑問，古醫藥書籍藴含着豐富的知識和寶貴的經驗，但也確實存在着一些漏誤。若不及早訂正，醫藥界以它們為憑，以訛傳訛，輕者耽誤治病，重者害人性命。
還有傳言李時珍“活人斷其死”的故事。
傳説李時珍在以一根針救活母子兩人後，許多人都想見一見這位神醫。一天，有家藥店老闆的兒子正在櫃枱上大吃大喝，聽説了之後，也想去看看熱鬧。他費了好大力氣終於擠到李時珍面前，問道：“先生，你看我有什麼病嗎？”
李時珍見此人氣色不好，趕忙給他診脈，過後，十分惋惜地説道：“小兄弟，可惜呀，年紀輕輕，活不了三個時辰了，請趕快回家去吧，免得家裏人到處找。”眾人都不信，那個藥店老闆的兒子更是大罵不止，後來在眾人的勸説下，方才氣咻咻地走了。
果不其然，不到三個時辰，這個人便死掉了。原來是此人吃飯過飽，縱身一跳，腸子斷了，內臟受損。
由此，人們更是驚歎李時珍的神奇醫術了。
蛇，誰都懼怕三分，但卻是名貴中藥材，歷代有識之士，將其作為醫藥的象徵。李時珍對蛇的研究頗有獨鍾。
自古以來，蘄州就是白花蛇集聚之地。由於白花蛇是名貴中藥材，所以歷代宮吏都以向皇宮進貢為藉口，挨户攤派，逼着羣眾上山捉白花蛇。凡不按期如數上繳蛇者，輕則鞭笞，重則殺頭。當地流傳着一首民謠：“白花蛇，誰叫你能避風邪！州中索爾急如火，縣官派人只逼我，一時不得皮肉破。“但是，白花蛇“其走如飛，牙利而毒”，一旦傷人，極易送命。故很多人便從蛇販子那裏買來交差。
李時珍考察藥物來到蘄州，發現蛇販子的白花蛇與蘄州當地所捉的白花蛇有些差異，便留心觀察辨認。他和蘄州捕蛇者一起，去盛產白花蛇的龍峯山仔細觀察數日，結果終於發現蘄州白花蛇最喜歡吃的是又臭又辣的石楠藤。爾後，他下山調查蛇販子，方知販子們的白花蛇是從江西興國縣山區逮的，那地方的蛇以食小蟲和鼠類為主，且沒有毒。李時珍向蛇販子和捕蛇者各買了一條蛇，在比較中發現：兩蛇雖然都是“黑質而白章”，但蘄州蛇肋下有24個斜方格，且比興國蛇稍短小；蘄州蛇死不閉眼，興國蛇死即瞑目；興國蛇雖有除風濕和除筋骨痛的效果，但遠不及蘄州蛇的效果好。興國蛇遍佈全國，產量較大，而蘄州蛇僅產蘄州，外地很少見到。
於是，李時珍便把這些鑑別要點寫成了《蘄蛇傳》。至此，中藥材中便有了“白花蛇”、“蘄蛇”兩種藥名，既方便了後世醫生的臨牀應用，又避免了大量誤用蘄州“白花蛇”而發生中毒現象。
一次，李時珍經過一個山村，看到前面圍着一大羣人。走近一看，只見一個人醉醺醺的，還不時地手舞足蹈。一瞭解，原先這個人喝了用山茄子泡的藥酒。“山茄子……”李時珍望着笑得前俯後仰的醉漢，記下了藥名。回到家，他翻遍藥書，找到了有關這種草藥的記載。但是藥書上寫得很簡單，只説了它的本名叫“曼陀羅”。
李時珍決心要找到它，進一步研究它。之後李時珍在採藥時找到了曼陀羅。他按山民説的辦法，用曼陀羅泡了酒。過了幾天，李時珍決定親口嘗一嘗，親身體驗一下曼陀羅的功效。他抿了一口，味道很香；又抿一口，舌頭以至整個口腔都發麻了；再抿一口，人昏昏沉沉的，不一會兒竟發出昏昏沉沉的'，不一會兒竟發出陣陣傻笑，手腳也不停地舞動着；最後，他失去了知覺，摔倒在地。
一旁的人都嚇壞了，連忙給李時珍灌了解毒的藥。過了好一會兒，李時珍醒過來了，大家這才鬆了一口氣。醒來後的李時珍興奮極了，連忙記下了曼陀羅的產地、形狀、習性、生長期，寫下了如何泡酒以及製成藥後的作用、服法、功效、反應過程等等。有人埋怨他太冒險了，他卻笑着説：“不嚐嚐，怎樣斷定它的功效呢？再説，總不能拿病人去做實驗吧！”聽了他的話，大家更敬佩李時珍了。就這樣，又一種能夠作為臨牀麻醉的藥物問世了。
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