：一是對人體健康可能造成的影響；二是通過生態鏈對環境產生影響。
新技術給社會、經濟和環境帶來了新效益，同時也帶來了新問題。轉基因食品對人類健康到底有無害處？國際社會尚無定論。那麼利用轉基因技術究竟會帶來什麼樣的後果？轉基因技術是改造自然還是破壞自然？是造福人類還是給人類帶來災難性的毀滅？基於以上疑慮，轉基因技術生物安全性的問題已成為人們日益關注的焦點。
全國政協委員“雜交水稻之父”袁隆平認為，利用生物技術開展農作物育種是今後的發展方向和必然趨勢，轉基因技術是分子技術中的一類，因此必須加強轉基因技術的研究和應用。通過轉基因技術，人類可以獲得更符合自己要求的品質好、產量高、營養豐富和抗病蟲強的優良品種，但也可能會造成生物遺傳基因污染。對轉基因作物之所以存在安全顧慮，主要是有些轉基因作物特別是抗病蟲的轉基因品種，其基因是來自一種細菌中的毒蛋白。由於蟲子吃了毒蛋白可以被毒死，因此長期攝入該物質對人是否有害很難説。現在的實驗不能讓人來做，都是通過小白鼠。但人是人，白鼠是白鼠，對白鼠沒有任何危害，對人不一定就沒害，人與它們的機體是不一樣的，所以對一些抗病抗蟲的轉基因食品要慎之又慎，要做好系統的安全評價。當然，對轉基因食品不能一概而論，轉基因食品不能全否，也不能全肯，它們中有的不存在安全問題，但也有的還要對其安全性作進一步的深入研究。由於轉基因食品存在潛在風險以及基因污染、增殖、擴散及清除途徑不確定等因素，因此一旦轉基因生物出了問題，根本無法控制，誰也擔不了責任。轉基因食品對於人體是否有傷害，需要非常長的時間來考察，至少需要兩代人才能得出結論。人食用轉基因食品兩代人沒問題才安全。
根據現有的研究水平和成果，對於轉基因食品安全性的爭論主要有兩個方面：一是通過食物鏈對人類造成影響；二是通過生態鏈對環境產生影響。
一、轉基因食品的好處是：
第一，可以解決糧食短缺的大問題。
第二，減少農藥的使用，避免環境污染。
第三，不僅我們可以通過降低食品價格，還可以節約生產管理成本。
第四，增加食品附加值，增加營養。
第五，轉基因食品企業可以通過提高生產管理效率，從而帶動其他國家相關產業的發展。
第六，減少微生物的入侵，在一定程度上保證人類健康。
與普通食物相比，轉基因食物富含營養，可以補充身體各方面所需的營養。轉基因食品可以減少農藥殘留，種植蔬菜時可以減少農藥，甚至可以避免使用農藥，減少人們無意識的食用農藥而導致的食物中毒現象。同時，轉基因食品可以大大提高生產效率，節省勞動生產率，降低食品生產成本，使食品更加安全。可以解決人口增長與銅糧產量的矛盾問題。
二、轉基因食品的危害
大量轉基因生物在進入自然界時可能會與一些野生物種發生雜交，這可能會增加基因污染的現象，從而影響生物物種的多樣性。有些轉基因食品可能含有有毒物質或過敏源，食用後會對人的免疫力產生很大的負面影響，甚至可能增加患癌症的機率。而且很多朋友因為之前沒吃過，突然食用轉基因食品可能導致腹瀉嘔吐。所以建議在日常生活中多吃綠色蔬菜，少吃轉基因食品。
總的來説，轉基因食品利大於弊。轉基因食品不僅給自己帶來了美食，也給大多數人帶來了營養和健康。當然，我們應該辯證地看待轉基因食品的缺陷。我相信，只要我們在未來繼續改進轉基因食品，轉基因食品在未來一定會得到公眾的認可。
轉基因食品，顧名思義就是利用轉基因農作物，也包括轉基因動物生產出來的食品。曾經有媒體在有關轉基因食品報道時指出“我們現在已經開始食用含有基因的食品了”。這似乎告訴人們只有轉基因食品才含有基因，同時也暗示着吃了含有基因的食物是一種可怕的事情。這使得人們對“轉基因”避之不及，而且非常擔心轉基因食品是否安全，是否會對人類產生不利的影響。這是一個天大的誤會。實際上，我們日常所吃的動物和植物源的常規食品中含有多達3萬～5萬個基因，可以説一口吃進去，全部都是基因，而轉基因食品實際上只是增加了一個或數個基因數目而已。基因的本質就是DNA，是由4種核苷酸組成的遺傳基本物質。在轉基因過程中，DNA的物理、化學以及生物性質沒有發生任何改變。轉基因食品被人體攝入後，外源基因與食物本身含有的基因一樣在消化道內被消化成為核苷酸，並作為我們人體正常的養分被吸收、利用。
當人們開始發現轉基因食品出現在超市的貨架上時，總是會有各種疑問。轉基因食品能吃嗎？吃後有沒有副作用？實際上，轉基因技術和傳統育種技術是一脈相承的，是傳統育種技術的新發展，其本質都是通過獲得優良基因對作物品種進行遺傳改良，使農作物的產量、抗性等農藝性狀或者營養品質得以改善。
就安全性方面而言，轉基因技術本身是中性的，談不上是安全的或是不安全的。轉基因食品安全與否，取決於所轉移基因的性質而非轉基因技術本身。所轉移的基因是什麼，從哪兒來，有沒有對生物體不利的影響，才是決定安全性的關鍵。若轉入對人體有害的毒素基因，那自然是危險的，但這顯然通不過國家有關部門的嚴格審批程序。反之，若轉入的基因來源安全且能降解食品中一些本來存在的毒素，那就不但不存在安全風險問題，而是更加安全了。例如亞熱帶地區一種叫鷹嘴豆的農作物籽粒，富含蛋白質，營養比大豆還豐富，但其含有一種有害物質，易使新生兒產生脊柱裂，因此科學家正在研究努力通過轉基因技術來去除這種有害物質，使鷹嘴豆更加安全。
目前，轉基因抗蟲水稻品種商業化種植的批准更是引起了人們對轉基因食物的廣泛關注。“轉基因水稻作為主糧對人體有害嗎？”“蟲子吃了都會死，人吃了能好嗎？”種種質疑的聲音出現在我們周圍，而這些疑惑引來了更多不知情的人對轉基因食品的恐懼。目前研製的轉基因抗蟲水稻所轉移的是Bt殺蟲蛋白基因。實際上，稍微查閲Bt殺蟲蛋白的作用機理，就會知道這樣的擔憂是毫無必要的。Bt殺蟲蛋白，是細菌蘇雲金芽孢桿菌產生的晶體蛋白，從上個世紀初開始就被廣泛應用為微生物類殺蟲劑，已經有100多年曆史了。該殺蟲蛋白被害蟲攝入後，在腸道中與特異受體蛋白結合發生作用，導致昆蟲死亡，這種結合是非常特異的。自然界存在成千上萬種Bt殺蟲蛋白，具體的某種Bt殺蟲蛋白只針對個別害蟲特異作用，正所謂“一把鑰匙開一把鎖”。比如在棉花上IAc類別的Bt蛋白只針對棉鈴蟲和紅鈴蟲，而對蚜蟲、盲蝽象全然沒有作用，更何況是其他生物和人類了。另一種研究比較多的轉基因抗蟲水稻是轉豇豆胰蛋白酶抑制劑的水稻。該蛋白是來源於豇豆的可食用部分——籽粒，其只抑制靶標害蟲的消化，對人體無害，也不是抗營養因子，相反有研究表明該種蛋白對於某些癌細胞有明顯的抑制作用。
事實上，我們日常攝入的食品中，有的就含有毒性物質或者抗營養因子。比如，未成熟的青色西紅柿含有生物鹼，如果人們一次吃較多，就會出現頭昏、噁心、嘔吐、流涎等中毒症狀，重者可危及生命。而生食豆類和木薯，其中生氰糖苷含量能導致慢性神經疾病甚至死亡。同樣辣椒中大量的辣椒素可成為致命毒物，人體在吸取過量辣椒素後，會出現呼吸困難、藍皮膚及抽搐等症狀。馬鈴薯發芽後會產生馬鈴薯毒素，大量食用可引起急性中毒，嚴重亦可致死。餐桌上這樣的食品比比皆是，但是人們並沒有因此而拒絕它，相反某些食品如辣椒等還成了不少人的偏好。因此，只要我們對食品有正確的認識，瞭解其正確的食用方法，就可以放心地享用。轉基因食品也是一樣，每一種轉基因食品都是經過嚴格的食品安全評價體系才出現在人們視野中的，安全保證是足夠的，因為自古以來，還未有其他任何食品經過如此嚴格的安全評估。不但如此，轉基因食品增加食用安全性的例子比比皆是。玉米被害蟲咬了之後，傷口處易被黃麴黴菌感染而產生黃麴黴毒素，該毒素是第一號生物強致癌劑，同時還能使人體或動物的免疫功能喪失，誘導胎兒畸形。轉基因抗蟲玉米的研發，可以有效防禦蟲害，從而有效防止黃麴黴菌對玉米的感染，大幅度降低黃麴黴毒素的含量，從這個角度看，這種轉基因抗蟲玉米比傳統玉米對人體更加安全。此外，轉基因抗蟲玉米的應用也減少了大量的農藥施用，降低了傳統玉米中農藥殘留帶來的安全隱患。農業經濟學家的調查研究表明，如果抗蟲轉基因水稻大面積應用，每年能減少20萬噸殺蟲劑的用量。大家都知道，我國每年殺蟲劑的使用量是100萬噸左右，也就是説減少20%的用量，其對食品安全和生態安全的意義是不言而喻的。上述證據表明，轉基因技術的應用可以進一步增加食品的安全係數。
那麼轉基因食品會不會引起過敏呢？這也是人們對食品安全的另一顧慮。引發這種擔憂的主要事件是巴西豆事件。巴西豆2S蛋白可引起極少數人羣(約1/105)的過敏反應，當2S蛋白基因被轉入大豆，可能使大豆成為過敏源，因此該研究被終止。這正如我們之前説的，是否可以產生過敏反應不是取決於轉基因技術，而取決於轉的是什麼基因。食物過敏是人類食物食用史上一個由來已久的問題。全球有近2%的成年人和4%～6%的兒童有食物過敏史，如蛋、魚、貝殼、奶、花生、大豆、堅果和小麥等都有過敏人羣，中東地區人羣易對蕎麥過敏，這些比例遠高於轉2S蛋白基因的巴西豆引起的過敏反應。但人們並沒有因噎廢食，也沒有因為有人有過敏反應而排斥這些食品。過敏風險存在於所有的食品中，轉基因食品同其他食品一樣，上市前都進過了嚴格的科研實驗評估其過敏風險，並制定了一整套過敏源評估程序，任何有可能成為過敏源的轉基因食品都會像“巴西豆”那樣被淘汰。目前人們正嘗試運用轉基因技術提供一種預防食物過敏的方法：日本已培育了一種降低過敏反應的轉基因水稻，其中主要的水稻過敏源已被剔除了；美國也培育了一種去除主要過敏源的轉基因大豆。種種嘗試都在告訴我們，轉基因食品帶來過敏的風險是可以被排除的。不但如此，轉基因技術的應用還為剔除食品中的過敏源打開了一扇新的大門。
轉基因農作物的出現減少了農藥、化肥的施用，降低了農業成本，提高了農作物產量。目前，轉基因食品的發展已經向改善食品營養品質，甚至開發一些有保健和治療作用的功能性食品方向邁進。比如，具有減肥功能、補充維生素等的轉基因食品正在研究當中。科學家正在想辦法把胰島素基因轉移到食品中，或許不久的將來，吃一個西紅柿或喝一杯牛奶就可以補充胰島素，這對很多糖尿病患者來説無疑是一個福音。像每一種新事物的產生一樣，轉基因食品的出現引來了人們關注的目光。無論是肯定或是質疑，都承載着人們期望食品質量改善的美好憧憬，這也正是無數轉基因科研工作者孜孜不倦的追求目標。相信隨着人們對轉基因技術的逐漸認知和轉基因食品安全評價體系的日益完善，轉基因食品一定會不斷髮展，以滿足人們日益增長的飲食需求和對安全食品的期盼。
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