383年謝安謝玄與苻堅苻融的對峙，縱加上朱序的穿插，只確定了南北朝的長期分裂，這次戰役卻不是構成分裂的主因。以後的發展也證明中國的重新統一必待人口相次固定，胡漢種族的界線逐漸漠減，巨家大室的力量也被壓制，才能成為事實。從此次戰役到隋文帝徹底統一中國，中間已經206年了。人們還要在戰亂分裂中生活200多年。
第一階段：淮南之戰
太元三年（378年）二月，前秦王苻堅派徵南大、都督征討諸軍事、守尚書令、長樂公苻丕，武衞苟長和尚書慕容率領七萬步、騎兵進犯襄陽，讓荊州刺史揚楊率領樊州、鄧州的兵眾作為前鋒，徵虜始平人石越率領一萬精鋭騎兵出魯陽關，京兆尹慕容垂、揚武姚萇率領五萬兵眾出南鄉，領軍苟池、右毛當、強弩王顯率領四萬兵眾出武當，會合攻打襄陽。分三路合圍襄陽，總計投入兵力17萬。
四月，前秦的軍隊抵達沔水以北，梁州刺史朱序認為前秦的軍隊沒有舟船，未作防備。等到石越率領五千騎兵渡過漢水，朱序才驚惶固守中城。石越攻克了他的外城，繳獲了一百多艘船隻，用來接運其餘的兵眾。長樂公苻丕統領眾將領攻打中城。
慕容垂攻下了南陽，抓獲太守鄭裔，與苻丕在襄陽會合。襄陽守將朱序死守近一年後，於太元四年（379年）二月城破被俘。苻堅又派彭超圍攻彭城，秦晉淮南之戰爆發。謝安在建康佈防，又令謝玄率5萬北府兵，自廣陵起兵，謝玄四戰四勝，全殲敵軍。謝安因功封建昌縣公，謝玄封東興縣侯。
第二階段：淝水決戰
太元八年（383年）五月，桓衝傾十萬荊州兵伐秦，以牽制秦軍，減輕對下游的壓力。
八月八年級，苻堅派遣陽平公苻融督帥張蠔、慕容垂等人的步、騎兵共二十五萬人作為前鋒，任命兗州刺史姚萇為龍驤，督益、梁州諸軍事。
八月初八，苻堅發兵長安，親率步兵六十萬，騎兵二十七萬，開始大舉南侵。
九月，苻堅抵達項城，涼州的軍隊到達咸陽，梓潼太守裴元略率水師7萬從巴蜀順流東下，幽州、冀州的軍隊也抵達了彭城，東西萬里，水陸並進。陽平公苻融等人的部隊三十萬人，先期抵達潁口。
東晉面對大軍壓境，下達詔令，任命尚書僕射謝石為徵虜、征討大都督，任命徐、兗二州刺史謝玄為前鋒都督，與輔國謝琰西中郎將桓伊等人，統帥八萬兵眾抵抗前秦。並讓龍驤胡彬帶領五千水軍援助壽陽。共分三路兵馬北上迎擊前秦軍。
十月，前秦陽平公苻融等攻打壽陽。十八日，攻克壽陽，擒獲平虜徐元喜等人。慕容垂攻下了鄖城。苻融進軍攻打胡彬退守的硤石。前秦衞樑成等率領五萬兵眾駐紮在洛澗，沿淮河佈防以遏制東面的部隊。
苻堅自認為能速戰速決，並派已是前秦尚書的朱序前去勸降謝石，朱序卻私下提示謝石宜先發制人，擊潰前秦的先鋒部隊。他説：“秦軍雖有百萬之眾，但還在進軍中，如果兵力集中起來，晉軍將難以抵禦。現在情況不同，應趁秦軍沒能全部抵達的時機，迅速發動進攻，只要能擊敗其前鋒部隊，挫其鋭氣，就能擊破秦百萬大軍。”謝石起初認為秦軍兵強大，打算堅守不戰，待敵疲憊再伺機反攻。聽了朱序的話後，認為很有道理，便改變了作戰方針，決定轉守為攻，主動出擊。
十一月，謝玄派廣陵相劉牢之率領五千精兵開赴洛澗，，揭開了淝水大戰的序幕。秦將樑成扼守山澗佈署兵陣迎擊。劉牢之取得洛澗大捷，斬殺了樑成以及弋陽太守王詠，秦軍折損十名大將及五萬主力。又派部隊阻絕了淮河渡口，殲滅前秦軍隊一萬五千人，抓獲了前秦揚州刺史王顯等人。
晉軍西行，與秦軍對峙淝水。12月有人向苻堅建議後退決戰。諸秦將認為阻敵淝水畔比較安全，但苻堅認為半渡而擊可主動對決。
當秦軍後移時，晉軍渡水突擊。朱序在秦軍陣後大叫：“前線的秦軍敗了！”，秦軍陣腳大亂，隨後晉軍全力出擊，大敗秦軍。謝玄、謝琰和桓伊率領晉軍七萬，戰勝了苻堅和苻融所統率的前秦十五萬大軍，並陣斬苻融。
苻堅親率步兵60萬、騎兵27萬、羽林郎（禁衞軍）3萬，共90萬大軍從長安南下，綿延數千裏，水陸齊進，僅運糧船隻就有萬艘。同時，苻堅又命梓潼太守裴元略率水師7萬從巴蜀順流東下，向建康進軍。東晉北上抗擊秦軍的總共兵力才8萬，在宰相謝安的主持下，以謝石為大都督，謝玄為前鋒，主力軍隊是北府兵（主要由流亡江南的北方漢族人口構成）。
淝水之戰前段的洛澗大捷，顯示了北府軍的強大戰鬥力，這才是真正的不可思議的地方。劉牢之率領5000北府軍主動渡河攻擊對方的5萬前秦軍，這種屬於自殺性攻擊行為的戰鬥，竟然還可以取得大勝，這確實是很不可思議的現象。
淝水之戰這樣的奇蹟產生，還來源於晉軍的低損失率，只傷亡了5000人，就取得戰勝幾十萬秦軍的效果，並且促使秦軍大約死亡15萬人的良好戰績。從傷亡比例情況上看，淝水之戰確實是戰爭奇蹟。
太元八年（383年）七月，苻堅下令平民每10人出兵1人，富豪人家20歲以下的從軍子弟，凡強健勇敢的，都任命為禁衞軍軍官。並揚言説：“我們勝利了，可以用俘虜來的司馬昌明（即晉孝武帝）做尚書左僕射，謝安做吏部尚書，桓衝做侍中。看情況，得勝還師指日可待，可提前替他們建好官邸。”志驕意滿之態，溢於言表。
八月，苻堅親率步兵60萬，騎兵27萬、羽林郎（禁衞軍）3萬，計90萬大軍，在東西長達幾千公里的戰線上，水陸並進，南下攻晉。東晉王朝在強敵壓境、面臨生死存亡的緊急關頭，決意奮起抵抗。他們一方面緩解內部矛盾，另一方面積極部署兵力，制定正確的戰略戰術方針，以抗擊前秦軍隊的進犯。
晉孝武帝司馬曜在謝安等人的強有力輔弼下任命桓衝為江州（今湖北東部和江西西部）刺史，控制長江中游，阻扼秦軍由襄陽南下。任命謝石為征討大都督，謝玄為前鋒都督，統率經過7年訓練，有較強戰鬥力的“北府兵”8萬沿 淮 河西上，遏制秦軍主力的進攻。又派遣胡彬率領水軍5000增援戰略要地壽陽（今安徽壽縣），擺開了與前秦大軍決戰的態勢。
同年十月十八日，苻融率領前秦軍前鋒攻佔壽陽，生擒晉平虜將軍徐元喜等人。與此同時，慕容垂部攻佔了鄖城（今湖北安陸縣境）。晉軍胡彬所部在增援的半道上得悉壽陽失陷的消息，便退守硤石（今安徽鳳台縣西南）。苻融又率軍尾隨而來，攻打硤石。苻融部將樑成率兵五萬進抵洛澗（今安徽懷遠縣境內），並在洛口設置木柵，阻斷淮河交通，遏制從東西增援的晉軍。
胡彬困守硤石，糧草乏絕，難以支撐，便寫信請求謝石馳援，可是此信卻被前秦軍所截獲。苻融及時向苻堅報告了晉軍兵力單薄、糧草缺乏的情況，建議前秦軍迅速開進，以防晉軍逃遁。苻堅得報，便把大部隊留在坎城，親率騎兵8000馳抵壽陽，並派遣原東晉襄陽守將朱序到晉軍中勸降。朱序到了晉軍營陣後，不但沒有勸降，反而向謝石等人密告了前秦軍的情況，並建議謝石等人不要延誤戰機，坐待前秦百萬大軍全部抵達後束手就擒，而要乘着前秦軍各路人馬尚未集中的機會，主動出擊。他指出只要打敗前秦軍的前鋒，挫傷它的士氣，前秦軍的進攻就不難瓦解了。謝石起初對前秦軍的囂張氣焰心存一定的懼意，打算以固守不戰來消磨前秦軍的鋭氣。聽了朱序的情況介紹和作戰建議後，便及時改變作戰方針，決定轉守為攻，爭取主動。
十一月，晉軍前鋒都督謝玄派猛將劉牢之率領精兵5000迅速奔赴洛澗。前秦將樑成在洛澗邊上列陣迎擊。劉牢之分兵一部迂迴到前秦軍陣後，斷其歸路；自己率兵強渡洛水，猛攻樑成的軍隊。前秦軍腹背受敵，抵擋不住，主將樑成陣亡，步騎5萬人土崩瓦解，爭渡淮水逃命，1.5萬多人喪生。晉軍活捉了前秦揚州刺史王顯等人，繳獲了前秦軍的大批輜重、糧草。洛澗遭遇戰的勝利，挫抑了前秦軍的兵鋒，極大地鼓舞了晉軍的士氣。謝石乘機命諸軍水陸並進，直逼前秦軍。苻堅站在壽陽城上，看到晉軍部陣嚴整，又望見淝水東面八公山上的草和樹木，以為也是晉兵，心中頓生懼意，對苻融説：
“這明明是強敵，你怎幺説他們弱不堪擊呢？”
前秦軍洛澗之戰失利後，沿着淝水西岸佈陣，企圖從容與晉軍交戰。謝玄知己方兵力較弱，利於速決而不利於持久，於是便派遣使者激將苻融説：“將軍率領軍隊深入晉地，卻沿着淝水佈陣，這是想打持久戰，不是速戰速決的方法。如果您能讓前秦兵稍稍後撤，空出一塊地方，使晉軍能夠渡過淝水，兩軍一決勝負，這不是很好嗎？”前秦軍諸將都認為這是晉軍的詭計，勸苻堅不可上當。但是苻堅卻説：“只引兵略微後退，待他們一半渡河，一半未渡之際，再用精鋭騎兵衝殺，便可以取得勝利。”於是苻融便答應了謝玄的要求，指揮秦軍後撤。前秦軍本來就士氣低落，內部不穩，陣勢混亂，指揮不靈，這一撤更造成陣腳大亂。朱序乘機在前秦軍陣後大喊：
“秦軍敗了！秦軍敗了！”前秦軍聽了信以為真，遂紛紛狂跑，爭相逃命。東晉軍隊在謝玄等人指揮下，乘勢搶渡淝水，展開猛烈的攻擊。苻融眼見大勢不妙，騎馬飛馳巡視陣地，想整頓穩定退卻的士兵，結果馬倒在地，被追上的晉軍手起刀落，一命嗚呼。前秦軍全線崩潰，完全喪失了戰鬥力，晉軍乘勝追擊，一直到達青岡（在今壽陽附近）。前秦軍人馬相踏而死者，滿山遍野，堵塞大河。活着的人聽到風聲鶴唳，以為是晉兵追來，更沒命地拔腳向北逃竄。是役，秦軍被殲滅的十有八九，苻堅本人也中箭負傷，倉皇逃至淮北。
淝水之戰的結果，是使得東晉王朝的統治得到了穩定，有效地遏制了北方少數民族貴族南下侵擾，為江南地區社會經濟的恢復和發展提供了必要的契機，這場戰爭對於前秦政權和苻堅本人來説，則是促使北方地區暫時統一局面的解體。慕容垂、姚萇等氏族貴族重新崛起，乘機肢解了前秦的統治，苻堅本人也很快遭到了身死國滅的悲慘下場。
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