在日本，農產品與食品安全性制度可以分為提高安全性制度和食品風險管理制度。其中，提高安全性制度涵蓋了JAS制度、特別栽培農產品制度、可追溯性制度以及GAP制度。而食品風險管理制度則由食品安全委員會及HACCP制度構成。
日本的JAS制度
日本現行的農產品與食品安全制度是根據JAS法律制定的JAS（Japan Agricultural Standard）制度。這一制度目的是振興農業生產和改善農產品的質量、保護消費者利益和滿足消費者的需求、促進貿易公正。
1960年日本政府在這一制度中追加了《品質表示規定》。2000年又引進了有機農產品（簡稱JAS有機農產品）制度。現在，JAS制度分為農產品與食品品質表示規定（以下簡稱表示規定）和物質規格規定（以下簡稱規格規定）兩方面。
先來看錶示規定。在日本，任何食品的出售方必須標明以下所列的項目：農產品、水產品、加工品和加工原料需要標籤的共同項目——名稱、原產地（原產國或原產城縣）以及其他相關的附加項目。
對於不按表示規定欺騙消費者的企業，處罰力度相當大。欺騙原產地的行為會被處以個人2年以下徒刑或200萬日元以下罰款，相關公司會被處以1億日元以下罰款。在其他項上欺騙，會對個人先處以行政處置，如果不聽從處理，那麼會被判1年以下徒刑或者100萬日元以下罰款，公司被處以1億日元以下罰款。
規格規定共分為5個種類：一般JAS以成分或性能區分（現在有57個品種），比如技能性食品等。JAS有機農產品分為有機農產品、有機加工食品、有機飼料以及有機畜產品等四個品種。生產者信息公開JAS需要公開原料與投藥等全部生產過程。特定JAS是指特殊辦法制造的食品，現有熟成火腿、熟成香腸、熟成煙燻肉、土雞以及手擀麪條等5個品種。最後一個分類是食品流通的恆温管理JAS，針對的是需要保持一定温度的流通食品（比如，盒飯就需要維持在±2℃以內）。
規格規定的認證體系是認證企業（製造商、農家、零售商、進口商和國外出口商）向《登錄認定機關》申請認證，得到認定後，由企業在產品上粘貼JAS標記再進行出售。《登錄認定機關》的設立需要得到日本農林水產省大臣的許可。
特殊的有機農產品
從1970年代開始的高速經濟發展造成了環境和農產品的污染，日本消費者開始普遍要求安全的農產品，一些農家也開始自行生產減農藥或化肥的農產品。最初，農藥和化肥減量的農產品都被稱為有機農產品。一些農家則稱這些農產品為特別栽培農產品，直到1992年，日本中央政府發佈通知：《關於有機蔬果特別標準》，規定了有機農產品的標準。
2000年，日本中央政府又發佈了JAS制度的新規定，添加了JAS有機農產品與有機農產加工品規格的標準。當初的《關於有機蔬果特別標準》改訂為《關於特別栽培農產品標準》，由地方政府執行。除符合JAS有機農產品規定以外的產品都不可隨意稱為有機農產品。符合特別栽培農產品的也不能稱為有機農產品，稱為《特別栽培農產品：通稱指南農產品》。
《指南農產品》農產品體系是這樣認證的，農家向地方政府或者農業合作社申請，然後由這些機構向認證審查委員會委託審查，委員會審查後再反饋結果。地方政府或者農業合作社在種植現場會檢查農家的栽培記錄。通過認證後，農家自行粘貼認證標記進行出售。在出售時，委員會在現場會進行審查。
可追溯性制度
可追溯性制度是日本農產品與食品安全制度的另一塊構成。2001年，日本總理大臣府IT戰略本部採取了e-Japan戰略Ⅱ。包括了農產品與食品部門的目標：到2005年前要實行國產牛肉可追溯性制度、其他食品逐步實行可追溯性制度（同樣適用於進口食品）、強化農業經營使用IT技術。
採取可追溯性制度是有原因的。當時，社會消費者喜歡日本國產或者由國內著名產地生產的食品，一些大規模的零售商則要求食品加工企業、批發商提供物美價廉的食品。在持續了十幾年的經濟蕭條背景下，這些因素都引起了廠商之間不正當的競爭，在加工或者包裝時隱瞞原產地或者原料的現象開始出現。
比如，2002年的假冒國產牛肉事件（相關企業有雪印食品公司、Nihon Food、Hannan Foods）。2007年的假冒牛肉漢堡包事件（相關企業如Meat Hope公司）。在2003年至2008年期間，由於日本農林水產省管理不當，將工業用途的原料大米作為食用大米流通在市場中，且在流通市場佔據了30%以上份額。
2005年，牛肉可追溯性制度開始實行，對象從牛肉生產者到零售商之間的所有環節的企業與個人。與牛肉相關的活體、胴體、枝肉（含有骨頭）、精製肉都是在追溯制度中的商品。
每頭牛都有編號卡，記錄了生日、性別、種類、其母親的編號等。從活體狀態開始到最終零售的每道程序，牛的編號卡都記錄並傳達信息。
在農家飼養時，每頭牛的牛耳朵就會被貼上標籤，在銷售市場（私人企業或者農業合作社子公司進行宰殺、肢解、拍賣）、部分肉類加工廠分切，批發商、零售商再分切成精裝肉，再到售賣的商品上都會貼有標籤。消費者可以根據牛的ID號在家畜改良企業集團開設的家畜個體識別中心網站查詢牛肉的詳細情況。
大米追溯制度則是從2011年開始實行的，對象包括大米生產商和加工商、大米制品加工商以及其他與大米有關產品的生產商。商品範圍涵蓋大米、大米粉、米飯以及大米糕等。
再看從農家到商家的傳達方式。以宮崎縣農業合作社為例，種子的生產與供給情況會由《縣大米改良協會》記錄，生產方式與病害蟲防治則由農家進行記錄，乾燥度與糙米通過農業合作社及縣政府管理系的私人企業記錄，大米的DNA以及農藥殘留量則由農業合作社負責化驗和記錄。最後發貨情況由農業合作社子公司記錄。除了牛肉和大米外，其他農產品不再需要執行可追溯性制度。
在2005年，日本農林部公佈GAP指南並推廣，在中央政府支持下地方政府和農民團體引進GAP制度。這個制度有四個項目構成，食品安全（農藥、化肥、重金屬、病原微生物與化學物質）、環保（保全水與土壤、廢物處理與利用、減少能源使用）、勞動者安全以及其他項目比如保護農民專有技術、記錄辦法與保存時間。
日本食品風險管理制度
日本食品安全委員會直轄於內閣總理，根據食品安全基本法於2003年設立。
當時日本國民飲食生活環境已有較大變化，比如進口食品增加、GMO農產品增加以及化學技術發展。食品安全事故頻頻發生，比如BSE、進口食品殘留的農藥還有使用未經過登記的農藥。食品從生產到消費的各環節都有潛在的風險。所以，這一機構的成立是有必要性的。由於完全獨立於日本厚生勞動省和日本農林部，所以這一機構能夠公正科學地判斷食品風險。
在與食品相關的疾病發生的緊急狀態時，委員會負責及時應對。其次，風險分析是委員會最重要的任務。通常是由風險管理機構或者消費者進行風險評估，委員會在聽取意見後決定是否有必要進行調查，如有必要，有專門調查會做出評價並寫報告書。在這之後的30日內，委員會收集相關信息和聽取國民意見，專門調查會再做出審查報告，待評價結果決定後，再會通知風險管理部門，最後這一意見被反饋到對應的管理部門。
在日本，HACCP制度於1994年制定，並於1995年開始正式實施，審批是由厚生勞動省管理。目前，只有牛奶、乳製品、加工肉製品、加工水產品、罐頭、速食食品以及軟飲料等食品製造產業被要求申請HACCP體系認證。在日本，HACCP體系認證不是強制性的。根據三菱綜合研究所2009年3月進行的調查結果顯示，日本食品製造企業通過HACCP體系認證設施現象不明顯的主要原因在於，企業需要大量投入資金來改善設施以及培訓員工，而這些成本卻很難體現在產品價格中，所以食品製造企業不願意增加投資。
從業人員食品安全知識培訓制度
一、學校食堂從業人員必須在接受食品安全法律法規和食品安全知識培訓並經考核合格後，方可從事餐飲服務工作。
二、認真制定培訓計劃，在食品藥品監督管理部門的指導下定期組織管理人員、從業人員進行食品安全知識、職業道德和法制教育的培訓以及食品加工操作技能培訓。
三、學校食堂從業人員的培訓包括負責人、食品安全管理員和餐飲服務從業人員，初次培訓時間分別不少於20、45、15課時。
四、食品安全管理員原則上每年應接受不少於45小時的餐飲服務食品安全集中培訓。考核成績合格的，由考核部門發給培訓合格證明。培訓合格證明有效期3年。食品安全管理員持有效合格的培訓證明後方可從事食品安全管理工作。
五、新參加工作人員包括實習工、實習生、必須經過培訓、考試合格、持有效健康合格證明後方可上崗。
六、培訓方式以集中講授與自學相結合，定期考核，不合格者離崗學習一週，待考試合格後再上崗。
七、建立從業人員食品安全知識培訓檔案，將培訓時間、培訓內容、考核結果記錄存入學校食堂食品安全管理檔案，以備查驗。
預防食物中毒制度
一、學校食堂應依法遵守《食品安全法》、《餐飲服務食品安全操作規範》及國家有關食品安全法律法規的規定，制定並落實食品安全事故應急處臵預案，積極預防和控制食品安全事件的發生。強化安全防範措施，防止投毒事件發生。
二、禁止超出許可範圍和超出供餐能力供餐。
三、在製作加工過程中應當檢查待加工的食品及食品原料，發現有腐敗變質或者其他感官性狀異常的，不得加工或者使用。禁止生產經營《食品安全法》第二十八條規定的食品。不違法添加非食用物質和濫用食品添加劑。禁止使用亞硝酸鹽。
四、學校食堂從業人員每年應進行一次健康檢查，經衞生知識培訓合格，持有效合格的健康證後方能從事餐飲服務工作。從業人員應穿戴清潔的工作服並保持良好的個人衞生上崗。
五、禁止加工出售涼菜。加工經營過程避免生熟交叉、混放。避免生食品與熟食品接觸，成品、半成品、原料應分開加工、存放。
六、保持食品加工操作場所內外環境整潔，採取有效措施，消除
老鼠、蒼蠅、蟑螂等有害昆蟲孳生的條件。
七、嚴格執行食品原料採購、索證和記錄查驗制度，供應商資質審查合格。食品、食品原料、食品添加劑和食品相關產品的採購記錄登記詳細、索證索票齊全、驗收合格、台賬記錄登記完整。
八、烹調後至食用前需要較長時間（超過2小時）存放的食品應當在高於60攝氏度或低於10攝氏度的條件下存放。
九、禁止使用毒蘑菇、發芽馬鈴薯等含有毒有害物質的食品及原料。加工豆漿等高風險食品，應按要求煮熟燜透。
十、食品倉庫、加工間不得存放任何有毒、有害物質。非本單位人員不得隨意進入食品加工場所。
1、加工前要檢查各種食品原料，如米、面、黃油、果醬、果料、豆餡以及做餡用的肉、蛋、水產品、蔬菜等，如發現生蟲、黴變、異味、污穢不潔的不能使用。
2、做餡用的肉、面、水產品蔬菜等要按照粗加工管理制度的要求加工，蔬菜要徹底浸泡清洗，易於造成農藥殘留的蔬菜要先浸泡20分鐘左右時間，然後沖洗乾淨。
3、分設製作區和成品區，各種工具、用具，容器生熟分開使用，用後及時清洗乾淨定位存放，避免生熟混放。
4、製作麪點須有相應許可項目方能加工經營。並設置有製作間和燒烤間，如需分裝，應另高設分裝間，分裝間的設置和操作按專間要求進行。使用者按照以上相應功能間擺放用具、規範操作。
5、成品麪點存放在專櫃內，做到通風、乾燥、防塵、防蠅、防鼠、防毒，含水分較高的帶餡麪點存放在冰箱。
6、如使用食品添加劑，應執行《食品添加劑使用管理制度》。
7、各種食品加工設備，如絞肉機、豆漿機、和麪機、饅頭機等用後及時清洗乾淨，定期消毒，各種用品如蓋布、籠布、抹布等要洗淨晾乾備用。
8、加工結束後及時清理麪點加工場所，做到地面無污物、殘渣，面板清潔，各種容器、用具、刀具清潔後定位存放。
蒙田範文網