加工貿易經營企業憑《加工貿易業務批准證》和《加工貿易企業經營狀況和生產能力證明》以及海關要求的其他文件，到所在地主管海關辦理加工貿易貨物備案手續和銀行保證金台帳手續。
供手續齊全後審批機關於三個工作日內實地勘察，完成審批。
1、申領《加工貿易企業經營狀況及生產能力證明》
證明分為三種表格：
表一、《加工貿易經營狀況》由進出口經營企業填寫；
表二、《加工貿易經營狀況及生產能力證明》由有進出口經營權的生產型企業填寫；
表三、《加工貿易生產能力證明》由無進出口經營權的加工企業填寫。
《加工貿易企業經營狀況及生產能力證明》有效期為一年。
從事異地加工貿易的加工貿易企業，其經營狀況和生產能力核查實行屬地管理。
經營企業填報的《加工貿易經營狀況》由經營企業所在商務主管部門審核。
加工企業填報的《加工貿易生產能力證明》由加工企業所在地商務主管部門負責審核。
《加工貿易企業經營狀況及生產能力證明》實行網上申報，加工貿易企業需通過中國國際電子商務中心網頁填報有關數據。具體操作流程依照《關於開展全國加工貿易企業經營狀況和生產能力核查的通知》（商貿字〔2003〕69號）文件及有關補充規定執行。
2、申請辦理加工貿易業務
（一）統一使用加工貿易電子聯網審批管理系統進行網上申報。
加工貿易企業通過加工貿易電子聯網審批管理系統企業段進行合同申請。系統分為C/S和B/S兩種形式，C/S系統在用户電腦中安裝程序，特點是用户可隨時操作，比較便捷，只需在傳送、接受數據時聯網，速度相對較快，但技術維護的要求相應較高；B/S系統的特點是，用户登陸INTERNET連接專門的網頁即可進行操作，無須安裝程序，技術維護簡便，使用方式與上普通因特網基本相似，系統功能在後台隨時更新，不影響用户使用，但受當地網絡環境的影響較大，上述系統均支持撥號、寬帶等各種網絡接入方式。
加工貿易企業可從加工貿易網站下載查閲企業端B/S和C/S系統的使用説明，並下載安裝企業端C/S系統或點擊加工貿易網站企業辦事之窗的申請“加工貿易業務批准證”，憑安全認證證書（安全認證證書的`具體申領、更新程序可以登錄加工貿易網站查詢）進入B/S系統。企業可選擇任一接入方式使用系統。
中國國際電子商務中心總部客服中心為加工貿易企業免費提供與加工貿易電子聯網審批管理系統等相關的各種技術支持和諮詢服務；中國國際電子商務中心各地分支機構為加工貿易企業進行加工貿易電子聯網審批管理系統初始安裝、調試，確保系統正常運行，為企業提供必要的操作培訓，為企業解決因中國國際電子商務中心方面原因引起的問題。
（二）經營企業申請加工貿易業務時，須向加工貿易審批管理機關提交下列文件和資料：
1、《加工貿易業務批准證申請表》；
2、經營企業進出口經營備案登記證明（或外商投資企業批准證書）；
3、加工貿易經營企業和生產企業註冊地商務主管部門出具的《加工貿易企業經營狀況及生產能力證明》；
4、經營企業和加工企業工商營業執照（複印件）；
5、經營企業對外簽訂的進出口合同（正本）；
6、經營企業與加工企業簽訂的加工協議（合同）正本；
7、如經營企業或加工企業屬於外商投資企業，還須同時提供商務主管部門批准的能説明生產經營範圍和規模的合同、章程，以及能確認已建成投產，投資方資金已如期到位，聯合年檢合格的證明文件；
8、加工貿易審批管理機關認為需要出具的其他證明文件和材料。
經審核各項單證、單耗數據以及《加工貿易業務批准證申請表》相關數據真實齊全的，且確具有加工復出口能力的經營企業，由加工貿易商務主管部門審核簽發《加工貿易業務批准證》，並加蓋加工貿易業務審批專用章。
2、加蓋企業公章的工商營業執照複印件；
3、加蓋企業公章的企業批准證書複印件；
4、企業到資情況的驗資報告；
5、企業上一年度審計報告；
6、企業的生產設備清單；
7、企業的建設用地許可證書；
8、審批機關認為需要出具的其它證明文件和材料。
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