歷史追溯到唐貞元年間，洛陽人李渤與其兄涉在此隱居讀書，渤養一頭白鹿“自娛”，鹿通人性，跟隨出人，人稱“神鹿”。這裏本沒有洞，因地勢低凹，俯視似洞，稱之為“白鹿洞”。後李渤為官江州(今江西省九江市)刺史，為紀念他青年時代在此讀過書，廣植花木，建亭、台、樓、閣以張其事。
南唐李氏朝廷，在此辦“廬山國學”又稱“白鹿國學”，與金陵秦淮河畔國子監齊名，學者爭相往之。
北宋初年，宋太宗重視書院教育，御賜《九經》等書於書院，因有朝廷重視，地方官史予以重視，書院得以發展。南宋淳熙六年，理學宗師朱熹知南康軍(今江西省九江市星子縣)，率百官造訪書院，當時書院殘垣斷牆，雜草叢生。朱熹非常惋惜，責令官員，修復白鹿洞書院，並自任洞主，制定教規，延聘教師，招收生志，劃撥田產，苦心經營。朱熹制定的《白鹿洞書院揭示》又稱《白鹿洞書院教規》影響後世幾百年，其辦學的模式為後世效仿，傳至海外的日本、南韓及東南亞一帶，白鹿洞書院譽享海外。清末宣統二年，清廷廢白鹿洞書院名稱，改稱江西省高等林業學堂。
辛亥革命以後，書院遺址曾遭火災，藏書大部分損失。民國七年(1918)，康有為曾題寫《白鹿洞書院》橫額，書院也偶有修整，但終又日益頹壞。國民黨軍官訓練團曾一度佔用書院院舍。抗戰時期，又遭到日本侵略軍的破壞，合抱大樹毀壞甚多。抗戰勝利後，蔣介石曾表示白鹿洞書院由當時設在南昌的中正大學接管，作為中正大學的永久校舍，但這個計劃並未實現。
新中國成立後，白鹿洞書院得到很好的保護和利用啊，各級政府先後撥鉅款進行三次大的維修，再度興盛。1959年列為省級文物保護單位，1988年列為全國重點文物保護單位，1996年在廬山申報世界“文化與自然”的遺產過程中是聯合國專家考察下塌首選第一站。
白鹿洞書院建於公元940年，南宋時經朱熹重建擴充，成為中國四大書院之首，“代表中國近世七百年的宋學大趨勢”，理學家朱熹等中國歷史上的名人都在此講過學。
建築體均座北朝南，石木或磚木結構，屋頂均為人字形硬山頂，頗具清雅淡泊之氣。白鹿洞書院坐落在貫道溪旁，有櫺星門、泮池、禮聖門、禮聖殿、朱子祠、白鹿洞、御書閣等主要建築。其中禮聖殿是書院中等級最高的建築物，歇山重檐、翼角高翅，迴廊環繞，但與一般文廟大成殿有所不同，而是青瓦粉牆，使這座恢弘、莊嚴的殿堂，又顯出幾分清幽和肅穆，與四周坡屋面、硬山造帶有民間風格的建築和諧、協調。在禮聖殿的石牆上，嵌有石碑和孔子畫像石刻。禮聖殿東側的朱子祠是為紀念朱熹而建。朱子祠後有一石洞，內有一頭石雕的白鹿。據《白鹿洞志》記載：“初，鹿洞有名無洞。嘉靖甲午(即嘉靖十三年、公元1534年)，知府王溱乃闢講修堂後山，為之築台於上。知府何巖鑿石鹿於洞中。”白鹿洞原是以山峯環合似洞而得名;現有的石洞和石鹿，則是明代嘉靖年間修鑿的。
在朱子祠之東廂，設有碑廊，內嵌宋至明清古碑一百二十餘塊，這是建國後為保存文物古蹟而新建的。在這些古代碑刻中，有朱烹的手書真跡，也有署為紫霞真人的明代狀元羅洪先的《遊白鹿洞歌》。這些名跡，筆鋒莊重遒勁，運筆嬌若游龍;它既是彌足珍貴的書法藝術品，又是具有研究價值的重要歷史資料。
在朱子祠前，與禮聖殿並列的是一座兩層樓閣，即“御書閣”。它是清代康熙皇帝賜給書院匾額及古書後，由南康知府周燦請建的。閣前有桂樹兩株，相傳是朱熹手植;但也有人説是清代建造“御書閣”時種植的。這裏古樹濃蔭，陽光穿過樹隙在地面上灑下斑駁的小光圈，風吹樹動，光影搖晃，有如微波盪漾的湖水，顯得環境清幽，風景宜人。
在櫺星門西北隅，不僅有曲徑通幽、山石林泉之美，而且還有“釣磯石”、“漱石”、“鹿眠場”、“流杯池”諸勝蹟。在漱石和流杯池上，均因有朱熹手書“漱石”、“流杯池”石刻而得名。“鹿眠場”，相傳唐代李渤飼養的白鹿就睡在這裏。而釣磯石上，也刻有朱熹的手書“釣台”二字。據説當年朱熹常在此垂釣，實際上這裏水淺泉碧流急，很少有魚，故明代劉世揚又在石上加刻“意不在魚”四字，可謂中的之妙語。
在明倫堂後方有一洞，內置白鹿，白鹿洞本無洞，明嘉慶九年(1530)南康知府王溱祭山開洞，並撰寫《新闢石洞告后土文》，嘉慶十四年(1535)南康知府何巖命工人置石鹿洞中，並作《石鹿記》。洞中石鹿為明代嘉慶年間硊式石鹿，為書院僅存明代實物。
白鹿洞書院擁有山林三千畝，保存了廬山的原始森林和原生植被，有千年古鬆18株，有柳杉、水杉、紫荊、紅楓、銀杏、廣玉蘭、珍珠黃楊、紅葉繼木等受國家保護的珍稀植物。山上林木葱蘢，山下流水潺潺，這是白鹿洞書院擁有的一份自然遺產。白鹿洞書院融於大自然之中，佔盡了自然風光之美。
白鹿洞書院環境優美，風光如畫，門前貫道溪上的拱橋和橋頭磯上的小亭與碧水青山相映生輝，成為古道來書院的前奏，成為書院的標誌和景觀。
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