巴赫對里約奧運表達出了自己的敬意，希望運動員們能夠和睦相處，同時他對難民代表團給予極高的評價，談到他們的加入讓里約奧運更加多樣化。
巴赫首先表達了自己的敬意，“你好巴西，親愛的奧林匹克選手們，尊敬的各位元首，尊敬的聯合國祕書長潘基文，歡迎來到2016年第31屆里約奧運會。”接着巴赫談到了對里約奧運的支持和信任，“這是屬於這座美麗城市的時刻，奧運會第一次來到南美，從巴西來到整個世界。包括里約奧組委、巴西政府和所有巴西人，都應該在今晚感到自豪。優美的里約熱內盧變成了現代化的大都會，而且將會更加美麗。我們心存敬意，對巴西來説這是非常困難的時刻，但我們始終對你們充滿信任。”
巴赫表達出了對里約奧運的美好期望，“你們對體育的熱情，以及生活的'熱愛，成功的激勵了我們，我們共同慶祝奧運會來到偉大的國家巴西。代表奧林匹克精神的使者，是數千名志願者。這是一個讓我們深感危機的世界，但我們有着奧林匹克的答案，全世界最優秀的1萬名運動員運動場上相互競爭，同時他們也在奧運村和睦相處。在奧林匹克的世界裏，每個人都遵循着同樣的準則，我們完全平等。”
巴赫談到難民代表團，“我呼籲各位奧林匹克運動員能夠尊重自己、尊重他人，尊重奧林匹克的價值觀。我們所生活的世界裏，自私的想法在不斷的蔓延着。一些人聲稱他們高人一等，但我們在奧運會上給出這樣的對應和答案，本着奧林匹克團結精神，我們歡迎難民奧林匹克代表團。敬愛的難民運動員，你們向全世界數百萬難民傳遞着希望。因為暴力和飢餓，你們不得不背井離鄉。但在奧林匹克的世界當中，我們需要多樣化，我們歡迎你們每一個人成為多樣羣體的一份子，豐富我們的世界。”
接着巴赫將榮譽獎頒發給前肯尼亞長跑奧運冠軍凱諾，“體育賦予給人類獨特的'榮譽，通過第一次頒獎，為保證教育、發展和和平領域裏，通過體育運動取得非凡成就和展現奧林匹克精神，將榮譽獎贈與基普-喬格-凱諾先生。”
在一系列音樂表演之後，奧林匹克會旗交接儀式開始。現場隨即升起了奧林匹克發源地希臘的國旗，在希臘國歌聲中，國旗緩緩升起。國際奧委會主席巴赫、里約市長愛德華多-帕埃斯、東京都知事小池百合子來到了場地中央，伴隨着巴西年輕人悠揚的奧林匹克會歌歌聲，奧林匹克五環旗緩緩落下。隨後，在全場歡聲雷動下，具有日本特色的音樂響起，里約市長愛德華多-帕埃斯將五環旗傳遞給了巴赫，巴赫再將五環旗傳遞給小池百合子。交接儀式就這樣順利完成。
之後是屬於東京的時間。現場的紅色背景迅速縮小，一個象徵日本國旗的巨大太陽出現了，20個演員在自己研發的自動平衡車中出場，各種語言的感謝字樣隨即出現在馬拉卡納體育場內。然後是一段富有日本特色的宣傳片，裏面含有了日本的文化、動漫和歷史的元素。在宣傳片的最後，我們都熟悉的動漫人物超級瑪麗奧用機器貓的百寶箱抽出了空間傳遞的技能，將郵筒從日本國內傳遞了過來。一瞬間，馬拉卡納的體育場內，日本首相安倍晉三就從郵筒裏出現。後面又是一些代表了日本高端科技的一些表演，還有很多動漫形象承擔的可愛主題。之後富士山、東京塔接連出現，煙花響起，掌聲歡呼聲此起彼伏，奧運會正式進入東京時間。
在欣賞了這樣一個具有南美風輕的閉幕式後，見證了又一次奧運會的傳奇後，國際奧委會主席巴赫對里約奧運會這樣評價：“謝謝所有的里約人，巴西祝賀你，來自全世界的奧林匹克朋友們，我們愛你們，巴西人！感謝你們熱情的款待！這十六天來，巴西在自己最艱難的情況下，用他們的歡樂鼓舞了大家，你們足夠感到驕傲。這屆奧運會是一場多元文化的慶典，奧林匹克精神在這種多元中實現了統一。感謝各國奧委會、各體育聯合會，贊助商。感謝所有的志願者，你們的微笑温暖了我們的心，謝謝志願者們。謝謝所有的運動員，你們給我們展示了體育的力量，你們向世界發出了和平的信息，我們可以在一起走得更遠，變得更強！感謝所有的難民運動員，你們用你們的天賦和精神感染了我們，給百萬難民帶來了希望。我們作為客人來到巴西，離開時，我們是你們的朋友了。我們心裏永遠有一個屬於你的位置。這是在非凡之城舉辦的非凡的奧運會。”
之後，巴赫宣佈奧運會正式閉幕。至此，里約奧運會徹底落下了帷幕。
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