[反轉世界]。.。是存在於這個世界內部的鏡子般不可思議的世界。那個美麗而規則的世界，是冥王龍棲居的特殊空間。然而帝牙盧卡和帕路奇犽的戰鬥造成了時空的扭曲，反轉世界也因此完全被陰霾籠罩。由於自己的世界被汙染而被激怒的冥王龍找到了帝牙盧卡，並想將其拖入反轉世界中。
另一方面，在繼續旅行的小智和皮卡丘一行的面前出現了一個小小的，幾乎看不見的精靈。那是有[花媚]之稱的感謝神奇寶貝雪米。被捲入迪亞魯加和基拉提那的戰鬥的雪米在千鈞一髮之際從反轉世界逃出。小智一行帶著精疲力竭的Shaymin前往神奇寶貝中心。
雪米用心電感應將小智一行帶到了它的格拉西玳亞（グラシデア）花園，並告訴他們在這[格拉西玳亞之花]中隱藏著巨大的祕密。正準備離開神奇寶貝中心的小智等人遇到了前來捕捉雪米的火箭隊。而與此同時，神奇寶貝中心外的裝飾品的鏡面上出現了[次元旋渦]，將火箭隊、雪米連同小智一行人一起全部帶往了反轉世界。
從次元旋渦中脫出的小智一行人環顧四周，這裡是倒立著一排排建築物，空中處處漂浮著烏雲的，廣大而不可思議的反轉世界。
就在這時，騎拉帝納突然出現，向雪米發動攻擊。小智等人正要與騎拉帝納對抗，卻傳來制止之聲。說話者是名叫無限的學者，他告訴小智等人不可以讓騎拉帝納生氣。
正在小智一行在無限的幫助下向現實世界回返之時，企圖利用騎拉帝納的力量支配世界的，駕駛著高科技母艦[百萬力霸]的謎之青年，ZERO出現了。和雪米一起繼續著探索花園之旅的小智一行沒能逃過ZERO的追蹤。
。.。前所未有的冒險之旅的高潮，等待著你的是超越想像的“美麗奇蹟”！
持續旅行的小智皮卡丘一行，來到了流傳著「波導傳說」的城鎮：歐魯德朗城。在城市的中心，舉行著對數百年前的“波導之勇者——亞郎”而舉行的祭典。小智與皮卡丘決定參加今年勇者對戰。激烈的戰鬥之後，獲得了冠軍的小智當選為當年“波導之勇者”。城中舉辦了慶祝優勝者的盛大宴會。突然幻之寵物小精靈“夢幻”出現。然而夢幻卻帶著皮卡丘消失了身影。與此同時，“迷之寵物小精靈”「路卡利歐」數百年前的封印被解開，在小智面前顯現了身影的！皮卡丘在哪？夢幻的目的是什麼？還有，隱藏在路卡利歐身上的過去和波導傳說的祕密是什麼？
帶著所有謎團，小智與路卡利歐一起朝向世界初始之樹開始了冒險。
在以口袋妖怪大師為目標持續旅行的小智與夥伴們面前，一個包覆白煙的巨塊從天而降。
一片白煙翻滾之中，出現的是幻之精靈·波爾凱尼恩。
無視面露憂色的小智，討厭人類的波爾凱尼恩准備離開。
但由於下落的衝擊，小智與波爾凱尼恩之間被奇妙的裝置連線在一起，分也分不開了！
被飛奔而出的波爾凱尼恩拉著走的小智，來到了各處都有巨大齒輪運轉的超機關都市·阿佐特王國。
波爾凱尼恩為何從天而降？又為何前往阿佐特王國！？
以機械架構的機關王國為舞臺，口袋妖怪史上最熾熱的傳說開始了！
世界上最美麗的城市-水之都，小智一行人在那裡遇見了擁有不可思議的力量的神奇寶貝，它們在這個城市裡守護著傳說中的寶物--【心之水滴】。
有兩個世界級的怪盜，看中了心之水滴，並且以這為目標來下手，隨著心之水滴所隱藏的封印即將被解除、城市將被大洪水吞沒了！小智和皮卡丘有辦法平安的渡過危機嗎？
在森林的入口，雪成”與少女“永久”邂逅了。接受了永久說的“如果你聽到了森林的聲音，就不能亂走動”的忠告後，雪成走進了森林。
雪成在森林裡為了守護被獵人追捕的“雪拉｛｝比”，被“穿梭時空的力量”捲入，帶到了40年後的未來。在40年後的世界，雪成認識小智他們。但是在這世界裡，火箭隊史上最強的男人“比夏斯”正打算捕獵雪拉比。
比夏斯擁有能將一切神奇寶貝變得凶惡的黑暗球，將雪拉比自小智他們的身邊奪走。為了拯救被比夏比捕捉的雪拉比，小智與雪成拚命奮戰。可是，溫柔的雪拉比已經發生了很大的變化……
激烈的對戰中，傳說中的神奇寶貝“水君”出現了！小智他們能否拯救雪拉比和森林呢！？
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